萬歷四十七年三月，薩爾滸慘敗的消息震動朝野內外。二十三日明廷發出旨意，急召已在江夏賦閑七年的熊廷弼還朝，任命其為大理寺左寺丞兼河南道監察御史并宣慰遼東。

在熊廷弼北上的途中，朝廷不停派差官南下催其速行（熊在途中才知道朝廷有意讓他經略遼東）。但四月末熊廷弼到達京師后，朝廷又把他晾在一邊不理不睬。

等了近一個月后，熊廷弼實在是耐不住，就上呈奏疏詢問何時給自己正式任命（關防和敕書），神宗只是朱批“該部（兵部）知道”。熊廷弼后來又上了一道奏疏追問，神宗沒再搭理他。

為什么會這樣？因為經過最初的慌亂之后，已穩定心神的袞袞諸公和皇帝又為是否任命熊廷弼為經略吵了起來。

“經略”不同于巡撫和總督，它是明廷為應對特定戰爭而專門設置的官職，其履任過程中的權限是高于區域內的巡撫和總督的。自努爾哈赤起兵叛亂后，遼東就成為大明的焦點。十幾萬兵馬、數百萬錢糧都向遼東匯集并由經略控制，所以遼東經略也一躍成為大明第一封疆。

如此巨大的權力以及其對應的錢糧官缺，自然會成為各黨爭奪的焦點。這一吵到六月中旬也沒個結果，最后還得靠努爾哈赤來“幫忙”。

六月十六日，后金攻陷開原，在薩爾滸逃了一命的總兵馬林戰死。更重要的是，開原的失陷等于切斷了遼鎮與北關的聯系。明朝也就難以支援葉赫部，更無法聯合葉赫部夾擊努爾哈赤了。

由于遼東局勢的再度惡化，朝堂也達成了一致 – 由熊廷弼經略遼東。所以熊廷弼獲此要職不僅不感謝中樞，反而對朝廷是有怨氣的。

六月二十二日朝廷正式頒下旨意，任命熊廷弼為“兵部右侍郎兼都察院右僉都御史經略遼東”。二十四日，神宗賜尚方寶劍和敕書，授予熊廷弼遼東軍政全權、便宜行事并命其盡快出關赴任。

但熊廷弼從北京到出山海關這不遠的路，卻走了一個月（七月初六陛辭離京、十七日抵達山海關、二十三日出關），他在“磨蹭”什么呢？他在等兵。

兵部原本答應熊廷弼調兵一萬隨其赴任，只是這一萬兵馬只存在于兵冊上，熊廷弼離京時只有七名隨從。到達山海關后，雖然總兵柴國柱為熊廷弼挑了四百兵丁，但也暗示他這些兵不堪一戰。熊廷弼只得又等了幾日，待第一批榆林援兵（騎兵）抵達后，勉強又挑出四百人出關。

七月二十六日，剛過錦州熊廷弼又收噩耗，邊防重鎮鐵嶺失陷。明朝的重要盟友宰賽（蒙古內喀爾喀五部的領主）被努爾哈赤擊敗和俘虜 …… 面對兇險的局勢，熊廷弼反而加快了步伐。

二十七日到達廣寧后，熊廷弼只停留了一夜向遼東巡撫周勇春了解情況。八月初二，熊廷弼在海州見到了舊經略楊鎬，兩人交接經略關防大印、旗牌等，熊廷弼正式就任遼東經略。（楊鎬被隨行的錦衣衛押解回京）

接著熊廷弼加快步伐，一天一夜跑了300里，八月初三進入已亂作一團、人心惶惶的沈陽。雖然熊廷弼以斬殺逃將劉遇節、王捷、王文鼎和收監知州李尚先的雷霆手段穩住了已經崩潰的軍心、民心。但此時遼東的殘破，還是讓熊廷弼內心惶急。

此時沈陽李如楨部有兵一萬，但其中能上戰場的不到兩千。駐守在虎皮驛的賀世賢部有兵七千左右，堪戰者只有兩千五百人的樣子。遼陽賬面上的兵不少，近三萬人，但基本都是薩爾滸之后收攏的各部敗軍，不僅建制殘破，士氣也已喪盡各個都如驚弓之鳥。

兵部稱從正月開始調往遼東的援兵總計7.4萬人，但熊廷弼勘合下來只有3萬。不是兵部在忽悠，而是兵丁視赴遼為死途大量逃軍。熊廷弼自己赴京過黃河時就親眼目睹了援遼兵（永順保靖土司兵）嘩變。這支3000人的隊伍，從正月走到六月二十九日才抵達山海關，而且人員只剩706人。

除此之外，自總兵以下副將、參將、游擊、都司、守備戰死近六百人（關內援遼將領居多），各自麾下家丁也損失殆盡。換句話說，此時遼東的明軍不僅指揮系統崩潰、精銳也盡失，根本不堪一戰。

這個時候如果努爾哈赤率大軍來攻遼、沈，熊廷弼只能像他赴任前給親友的信件里說得那樣，身殞遼東了。

很快，努爾哈赤又給了熊廷弼一記重擊。八月二十一日，努爾哈赤攻陷北關。金臺石（東城城主）自焚、布揚古（西城城主）投降后被努爾哈赤處決，海西葉赫部被連根拔起，努爾哈赤正式統一女真。

十年前熊廷弼巡按遼東時，就認為李成梁那種主動進剿除了消耗錢糧兵馬，并無太大意義（不能抑制蒙古女真的進犯）。他覺得遼鎮應把重心放在建立穩固防線并保護好葉赫部這一大外援，讓女真自己來“撞墻”消耗。

現在戰略破產，熊廷弼多少也會心灰意冷。除此之外，“遼人”的表現也讓熊廷弼生出強烈的無力感乃至反感。

十年前遼東就已被礦稅使、遼東都司和遼鎮霍霍成了爛泥潭。熊廷弼花了近三年的時間懲治貪腐官員將領、恢復生產、重建常平倉、安撫流民逃民等等。結果十年后他發現，當年的努力全部化為烏有而且情況變得更爛。

而長期的不公正待遇，讓遼人普遍對明廷失去信心而不愿意賣命。如贊畫劉國縉在復州征募新兵2100人前往清河駐守，結果到年底就只剩一半（包括捉回的）。

同時遼東將門的干涉也讓就地募兵、練兵困難重重。例如他們將募兵視為一門無本買賣，專門組織麾下家丁和軍士四處應募，拿到發放的安家銀后就一哄而散 ……

這些綜合起來，讓熊廷弼的信心一度全無，有了放棄的念頭，因此有了那份非常喪氣的《遼左大勢久去疏》。熊廷弼上疏神宗稱，北關失陷、沈陽已成孤城，人心惶惶，官員們都要求撤退，他也覺得應當盡快撤離 ……

雖然在神宗的嚴令下，熊廷弼放棄了撤守的打算，但熊廷弼將他的“喪氣”轉移到了遼人身上。

今沈陽皆已逃盡，遼陽先逃者已去不復返，見在者雖畏不敢逃，而事急之時臣安能保？況遼人浸染胡俗，氣習相類。賊殺其身及其父母妻子，不恨，而公家一有差役，則怨不絕口。賊遣為奸細，輸心用命，而公家派使守城，雖臣以哭泣感之，而亦不動。
《遼左大勢久去疏》

單看這個奏疏，說熊廷弼視“遼人”為奸細也不為過，這也是熊廷弼堅決抵制朝廷“遼人守遼土”的主要原因。

隨后熊廷弼通過《敬陳戰守大略疏》表明了自己的要求，至少需用兵18萬、馬9萬匹。這些兵馬對應的糧餉草料分別為，士兵每年需餉324萬兩、糧108萬石，馬匹每年需豆97.2萬石、草2160萬束（每束15斤）。

而且兵不能在遼東招，得從關內調。這意味著兵餉兵糧還得翻，因為調兵不能常駐，不讓士兵定期返家就形同流放了，他們會逃軍、嘩變。而調兵還得額外支付出征費、行軍途中的糧食等。

朝廷根本就支付不起（后被迫加征遼餉），覺得熊廷弼不當家不知柴米貴故意折騰，熊廷弼則認為這幫人安居后方想當然。所以熊廷弼第一次出任經略時大部分精力不是在應對努爾哈赤，而是在跟朝廷吵架。

而熊廷弼由于自身性格，跟朝廷各部爭執起來嘴很“毒”。比如他通過遼東軍衛的實際情況，也能明白關內軍衛一樣缺編嚴重，兵部調兵會很困難。但他仍專門上《部調紙上有兵疏》，把兵戶兩部官員、軍鎮督撫們罵了個狗血淋頭。

兵部尚書黃嘉善、戶部尚書李汝華，身擔兵餉重擔，皆圖全軀保妻子，莫有肯為皇上拼死力爭上緊干辦者，何況各省鎮督撫諸臣。

這種方式不僅解決不了問題，反而激化矛盾。這份奏疏也是熊廷弼經略遼東的轉折點，此后他與朝廷吵得越來越兇，朝廷里反感他的官員也越來越多，很多人覺得熊廷弼“以謾罵為氣魄”。

所以熊廷弼經略遼東的“鐵桿”神宗駕崩后，他很快被彈劾逼辭（他自己也不怎么想干），就不是什么難以理解的事情了。