老話重提，統計圖，和科研領域里的大多數圖像數據伴生，是一種大家喜聞樂見的，直觀表現數據結果的形式。

只要是個圖如果沒有伴隨統計，reviewers 總會叨叨「請給出統計結果」。加上統計數據的文章看起來的確更具說服力呢！

之前我們推出的第一個教程《手把手教你用軟件便捷地數細胞》，既教你認識這個軟件 Imaris，又教你怎么數密密麻麻的細胞，區分不同的 marker 陽性的細胞以及計數它們。

那么問題來了，如果有人并不關心細胞數量，而關心細胞的面積，那該如何是好呢？

一般在研究細胞生長時候非常實用，如評估同等量細胞的生長速度，通過比較體外培養細胞的匯合率來得到初步結論；或研究不同類型細胞的表面積，給細胞分型。

舉個栗子（為了保護自己的數據隱私，我只是隨便拿個廢棄的不咋好看的圖來演示如何使用軟件）

1. 打開軟件 Imaris，打開圖片，在工具欄點擊「surface」按鈕（紅色箭頭所示），即可出現如藍框所示的 Surface 1。

2. 讓大家看一眼原始的圖片，并明確下此行目的：將當前界面紅色陽性的區域的表面積計算出來（你也可以計算明場細胞的面積，細胞核的面積 等等）。

3. 點擊左下方「Next」朝右的箭頭（紅色箭頭所示），此處先不要點擊橘黃色箭頭所示的方框，自動完成的 surface 可能不那么準確，但是如果你只是大略看看面積，建議使用 automatic creation，一步到位。

4. 之后界面變成 2/4 Algorithm，此時可以調節的界面有 Smooth.

5. 接著點擊「Next」的藍色箭頭，系統開始創建 surface，界面轉換為下面的樣子。之前紅色信號陽性的區域被灰色的實心區域覆蓋。

通過調節紅色方框 highlight 的淺黃色矩形的面積可以讓 surface 被創建的更密集or 稀疏（調大黃色區域，更密集；反之更稀疏）。

6. 當發現自動調節的閾值覆蓋了更多的區域——如靠上面的面積非常小的紅色信號區域也被灰色的 surface 覆蓋了，但是這些顯然并不是細胞，那么我們就往右拖動淺黃色區域，得到如下的圖。

7. 點擊「Next」，得到如下被加工好的圖。系統將灰色變成了白色，通過視覺變化決定是否對圖進行調整，此時可以回到 4 個進程的任何一步再進行修繕，確定沒有修改之處后再進行下一步來最終確認所有的操作。

8. 點擊「完成」按鈕（紅色箭頭所示），此時開弓沒有回頭箭了，且我們也將要得到我們想要的分析結果。

9. 完成（此時建立的 surface 變成通道顏色-紅色。并且與之前的信號疊加起來?？梢渣c擊勾掉通道熒光，只留下 surface，觀察一下是否合意）。

10. 如下是僅有 surface 的界面（和原始圖片比較一下，更好看了呢）。

11. 在（紅色矩形標記的）數據曲線處的 detailed 欄目里可以找到圖中所有（specific values）的 surface 的面積（Area）數據。

12. 將這些數據復制或者輸出（點擊下方的保存按鈕）到 excel 里。進行統計分析。針對體外培養的細胞，有時會有一些雜質，此時可以在 excel 里將不是細胞大小的全部去掉即得到了所有 surface 的面積信息。

當然關于 surface 的熒光強度、位置等信息也可以一并在 Imaris 軟件中的 Detailed 欄目的下拉框中選擇并保存獲取。

13. 如果是體外培養細胞分析匯合率，則從拍攝軟件中可以獲取整個圖片區域的面積（或者從 Imaris 里獲取，如下圖，獲得 X-Y 軸的最大量程計算表面積），并用總的細胞面積除以區域總面積獲得匯合率。

今天的分享結束啦，敬請期待后續的系列教程哦~

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