1894年甲午戰爭爆發以后，雖然戰事主要集中在北方，但是因為擔心日本海軍會南下襲擊閩浙海面，因此南洋水師也不敢掉以輕心，命六艘主力巡洋艦分守各處。其中“南琛”、“南瑞”兩艦駐防臺灣，“開濟”、“鏡清”、“寰泰”、“保民”四艦則一起守衛吳淞口。

黃海海戰后，由于北洋水師損失慘重，清政府曾經考慮抽調南洋水師北上增援。不過南洋方面以種種理由推脫，直至戰爭結束依然沒有北上。

黃海海戰

當然了，南洋水師雖然沒有直接參加戰斗，但是也并非全程無所事事，除了日常巡邏之外，日本一度打算雇傭英國莫臥兒輪船公司出租給美國巴伯公司的的“巴山”號輪船運送軍用物資到日本。這一消息被清政府駐新加坡的外交人員獲悉，于是通知國內進行攔截。

1894年9月20日“巴山”號輪船在臺灣海峽被“南琛”號和海關的“斯美”號截停?！澳翔　碧柵沙龉俦洗瑱z查，在貨單中看到了有一批運往日本的軍火和化工品，于是將其扣留，押往基隆沒收違禁物資。

“南琛”號

經過一番檢查，最后查獲了一批運往日本的左輪手槍和子彈并將其沒收。本來這件事到此也就告一段落了，清軍打算將“巴山”號放行。然而就在船上水手將其他貨物搬回船上時，檢查人員又發現了兩件疑似炮彈的物品。于是“南琛”號的水兵和海關人員再次對貨物進行了全面檢查。

第二次檢查沒有發現問題，但是這樣前后耽擱了“巴山”號近半個月的時間，延誤了貨期。加上恰逢大雨，很多貨物被雨淋濕，一些因此損壞，此外檢查貨物時也有一些損壞，因此“巴山”號不得不支付違約罰金和賠償損壞的貨物，損失巨大。

“開濟”號巡洋艦航行圖，李曉雷繪制

英國船東為了減少損失，請求英國政府向清政府索取賠償。英國方面認為南洋水師的行動符合戰時的要求，不過清政府沒有建立符合國際要求的捕獲法庭，行為上有瑕疵，因此向清政府提出賠償請求。

此時已經焦頭爛額的清政府不愿意在這種小事上得罪英國，于是賠償了輪船公司的損失。對比日本海軍在豐島海戰中擊沉英國“高升”號貨船，最后英國人卻認為責任也由清政府承擔，賠償了英國一切損失，英國政府在這場戰爭中的態度有些耐人尋味了。