1938年7月，陳獨秀從武漢輾轉長沙來到重慶，遇見同鄉、同學鄧季宣，經他又認識了江津名紳鄧蟾秋、鄧燮康叔侄。鄧蟾秋仰慕陳獨秀之名，邀請他來到江津縣，經過一番波折，最后定居在石墻院。

這個石墻院乃是前清進士楊魯承的舊居，在當年算得上氣派非凡，然而等到陳獨秀入住之時，已經是年久失修，有些破敗了。

石墻院為三進，中間以天井隔開，這天井大約200平米，青石鋪地，四周有雨槽，第三進正面是三間大屋，有左右耳房，自成小院，陳獨秀就住在右側耳房。臥室是一間10平方左右的小屋，房前留下敞開著半個“廳”，僅容一桌兩凳，是陳獨秀吃飯的地方，院的右側兩大間，大門有一大排隔柵，是陳獨秀寫作和會客的地方。

陳獨秀落腳在石墻院，生活一方面靠朋友饋贈，北大學生會是經常支持的，另方面靠賣文、賣字。他的詩、文、書法都屬一流。夫人潘蘭珍為生活所迫，避著陳獨秀典當了首飾，連柏文蔚（陳的老友、曾任安徽都督）贈給他的皮袍子也當了。

包惠僧曾經回憶道：“他們（陳獨秀）院里堆了一大堆土豆，是陳獨秀和潘女士種的，他們用的家具都是些破爛桌椅，生活很苦。”

雖然生活拮據，但陳獨秀依然是一副執拗的性子。當時他編著了一本《小學識字教本》，是有意為中小學教師普及國民文化教育提供教學藍本，學術性雖高，但目的還是在于實用。此書完成后，稿件送審時，有關部門認為“小學”二字不妥，要陳獨秀改書名，陳說“一字不能動”，把預支的兩萬元稿費退回去了。

即使不得不依靠朋友們的接濟，陳獨秀也并非誰的錢都要。當時國民黨中央秘書長朱家驊贈陳獨秀5000元，這在當時是一筆不小的數目。但是依舊被陳獨秀以“卻之不能，受之有愧”拒絕。后來任卓宣曾經給陳獨秀寄去200元大洋，任曾經是我黨高級干部，1928年被捕后叛變，后來做到國民黨宣傳部副部長，而陳獨秀卻叫人按原址退回。

陳獨秀住在石墻院，雖遠離城市，交通又不便，但前來拜訪的人絡繹不絕，有縣長和當地名紳，還有已做了大官的學界名人傅斯年、羅家倫。至于陳的老友高語罕、鄧仲純等安徽老鄉、北大同學，江津名流，就更多了。

1939年2月，中共駐重慶國民政府代表周恩來，在辛亥革命元老安徽人朱蘊山陪同下，探訪了陳獨秀。周恩來此次拜訪，仍繼續勸說陳獨秀，希望他放棄個人成見與固執，寫個檢查回到延安去。

陳獨秀說：“李大釗死了，延年死了，……除周恩來、毛澤東，黨中央沒有我可靠的人了，我也落后了，年紀也大了，中央開會，我怎么辦呢？我這個人又不愿被人牽著鼻子走，我何必弄得大家無結果而散呢。”陳獨秀還是老脾氣，是直言不諱的。

1942年5月23日，曾代表陳獨秀參加過中共一大的包惠僧來探望陳獨秀，老友重逢，他非常高興，中午吃了四季豆燒肉，引起胃病復發，潘蘭珍延請好幾位醫生但并無起色。

陳獨秀自知將不久于人世，向跟隨他多年的北大學生何之瑜交代：“小兒松年早已分居獨立，夫人家中無親人可依靠，放心不下，請你務必多多關照。并要囑夫人今后一切自主，生活務自立，我在南京獄中，朋友贈我的五個顯德四年古瓷碗，留給蘭珍。后事料理后，稿費如有多余，也留給她一部分……”話未說完，心臟病突發，搶救無效，與世長辭，時在1942年5月27日晚9時40分，享年63歲。

《江津日報》大幅標題獨家報道了陳獨秀去世的消息：“陳獨秀去世：一代人杰陳獨秀先生，青年時期向宗教宣戰，向偶像宣戰，一種凌厲之氣，不失為一個前驅者。”國民政府中央社亦發布通訊，向全國公布了陳獨秀逝世的消息。《大公報》、《申報》、《時事新報》、《新民報》、《古今》、《新申報》相繼轉載，并刊發悼念文章。

得知陳獨秀去世的消息后，國民政府派出以教育部次長段錫朋為首的奔喪團赴江津為先生致哀。江津大小官員、地方名流百余人自發來到陳獨秀住處，為這位中國近代史上不可忽視的人物送行。獨秀先生的安葬儀式，由北大同學會操辦。

陳獨秀靈柩于6月1日下午1時30分安葬于江津大西門外鼎山麓康莊，此地也是鄧蟾秋捐獻。出殯之日，陳獨秀親屬和雙后小學學生百余人隨行送葬，從鶴山坪到康莊30里，兩旁站立許多人送葬，有人放鞭炮以示悼念。

陳獨秀去世后，衣裳、棺木與墓地等均由鄧蟾秋、鄧燮康贊助，社會各方多有支持，捐贈和賻儀總數為33750元，支付38753.01元，超支5000元，由北大同學會撥付。

何之瑜回憶說國民黨要人多有資助：“蔣介石捐了10000元，朱家驊5000元，陳立夫和段錫朋各2000元。”胡漢民在廣州曾對其屬下說：“仲甫先生，戛戛獨造，究竟與眾不同。”蔣介石也曾對胡宗南說：“陳獨秀的見解深甚，眼光遠大。”雖然陳獨秀與國民黨政見相左，但就對待陳獨秀去世一事來看，國民政府尚存些許寬容。

而此時的延安，正在大張旗鼓地開展整風運動，因此作為中共中央機關報和主要喉舌的《解放日報》、《新華日報》和《冀察冀日報》則沒有陳氏去世只言片語的報導。

陳獨秀晚年曾作過一首詩：

《寒夜醉成》

孤桑好勇獨撐風，亂葉顛狂舞太空。

寒幸萬家蠶縮繭，暖偷一室雀趨叢。

縱橫談心忌形健，衰颯心因得句雄。

自得酒兵鏖百戰，醉鄉老子是元戎。

或許只有在醉夢中，陳獨秀才能回憶起曾經的榮光。