饒正錫出生于1911年，湖北省鐘祥縣人。早年時期，他曾在武昌博文學院中學、湖北省大冶縣普愛醫院學習。期間，饒正錫廣泛閱讀進步書籍，并秘密參加各種革命活動。1930年，19歲的饒正錫參加了紅軍，成為紅三軍團總醫院的一名醫生。

當時紅軍缺醫少藥，條件十分困難，作為一名醫護工作者，饒正錫參加紅軍后迅速受到重用，次年，他擔任了紅五軍醫院院長，后續又擔任了紅三軍團衛生部醫務主任、紅五軍軍醫處處長等職務，挽救了很多傷員，并為紅軍培養了一批優秀的醫護工作者。

1932年，饒正錫加入了共青團，同年，他轉為正式黨員。入黨之后，饒正錫又擔任了紅三軍團衛生部醫務主任以及紅三軍團衛生部部長等職務，參加了中央根據地的歷次反“圍剿”作戰，期間，因為在醫護領域的卓越貢獻，饒正錫還被授予了三等紅星獎章的榮譽。

1934年10月，第五次反“圍剿”失敗后，饒正錫參加了長征。長征期間，紅軍的處境依然十分艱難，但饒正錫克服重重困難，想方設法為紅軍籌集緊缺的藥品與醫療物資，從而挽救了很多傷員。

到達陜北后，饒正錫繼續從事醫護工作，擔任了總衛生部后方衛生部衛生主任。抗日戰爭全面爆發后，他進入中央黨校學習，畢業后擔任了后方勤務部衛生部部長，1942年，饒正錫又擔任了后方勤務部政委。

任職期間，饒正錫參與領導了陜甘寧邊區部隊的衛生工作以及培養醫務工作干部的工作，同時，他還在延安創辦制藥廠，生產緊缺的醫療物資，編寫《國防衛生》等刊物，提高了后方的醫療衛生水平，為抗日戰爭的勝利作出了重要的貢獻。

解放戰爭時期，饒正錫改行從事部隊的政治工作，擔任了陜甘寧晉綏聯防軍教導旅副政委兼政治部主任、西北野戰軍第六縱隊副政委兼政治部主任，率部參加了保衛延安與解放西北的主要戰斗，是建立新中國的功臣之一。

新中國成立后，饒正錫擔任了第22兵團副政委、烏魯木齊市委書記與市長等職務，參與領導了當地鞏固新生政權的一系列工作，穩定了社會秩序。1953年，饒正錫被調到北京，擔任了總后勤部衛生部部長兼政委一職。1955年授銜時，他被授予中將軍銜，成為開國中將。

1957年，饒正錫升任總后勤部副部長，這也是饒正錫第一次擔任總后勤部副部長。在1966年開始的那段特殊歷史時期中，饒正錫也受到迫害，不僅被暫停了工作，而且還被關押6年時間。

1975年，饒正錫重新復出，第二度擔任總后勤部副部長。不過，不久后，饒正錫再次受到沖擊，被暫停了工作。1977年，饒正錫第三度擔任總后勤部副部長，直至1982年，期間，他以積極飽滿的熱情投身新時期我軍的正規化與現代化建設當中，尤其是在后勤領域，做了大量卓有成效的工作。

1988年，我軍實行新式軍銜時，饒正錫被授予了一級紅星功勛榮譽章，以表彰他過去作出的貢獻。離休之后，饒正錫依然關心我軍的建設，并積極獻言獻策。另外，饒正錫還在戰史編寫等方面做了很多工作，留下了寶貴的歷史資料。1998年，饒正錫因病去世，享年87歲。