順治駕崩之后，十三衙門很快就被裁撤，恢復了內務府，由旗人包衣和漢人太監一同負責宮內事務。但注意，康熙繼位時非常年輕，年僅八歲，主導政局的是孝莊太后和幾個輔政大臣。但傳統上，史學界都認為康熙創建了一套新的宮廷體制，“意在永遠剝奪太監獲得權位與影響力的機會”。的確，在乾隆朝的《國朝宮史》中，康熙被描述為一個對太監極其嚴厲的皇帝。他規定太監每個月只能拿二兩銀子，還禁止太監斗毆、賭博與飲酒，尤其是賭博和飲酒，這基本上就算太監在宮里僅有的一點娛樂活動了。康熙還對犯事的太監動用重罰，說“太監等不可假以威權，事發即殺之”。他認為，從歷史上看，善良的太監很少見，像漢朝和唐朝那么嚴重的宦官干政，都是長期姑息養奸的結果，所以太監犯一點小錯就必須重罰，他稱之為“防微杜漸，慎之于始”。比如，有個名叫李進忠的太監，涉嫌敲詐勒索。刑部調查時，發現李進忠只是“強行干涉他人家務”，建議判他戴枷三個月，并杖責一百。但康熙駁回了建議，下令直接處死。

康熙的貢獻有兩點，思想和制度。

思想上來說，康熙在修《明史》的過程中重用了黃宗羲的學生萬斯，強調宦官在明朝衰亡過程中的角色，讓前面所說的反宦官思想進入了官方正典。同時，康熙親自指點《明史》編纂者，說不能光罵宦官，更要負責的是怠惰奢靡的皇帝，以及和宦官狼狽為奸的官員。他還說，太監屬陰，性情和常人不同，外表忠厚，內心叵測，要有英明的主子，也就是他自己，來避免他們干政。康熙非常自信，相信自己看人的眼光，可以做到知人善任，相比之下，晚明的皇帝都長于深宮之中，甚至連字都不太認識，不懂書面用語，發出政令都要依賴宦官，所以才那么容易被“拿捏”。可以說，在康熙眼中，宦官專權是因為皇帝太蠢，制衡不住太監。從制度上來說，康熙的確建立起了一套體制，對普通太監設立了重重管制。他完善了內務府制度，讓包衣旗人管理太監，還設立了管理太監和宮內事務的敬事房。這個機構只對皇帝負責，不受官僚機構影響，只要他想，隨隨便便就能把不喜歡的太監關起來。而他影響最大的兩個舉措，是他設立了新的懲罰制度和責任制度。

所謂新的懲罰制度，是設立了內務府下的慎刑司，執行內宮刑罰。如果你看清宮戲，可能對這個地方有印象，后宮妃子出了事兒都會被安排去這里嚴刑拷打。實際上，慎刑司主要管的是太監相關案件，還會直接執行刑罰，比如用一根灌滿鉛的竹竿把犯人打死為止。而包括逃出宮外的這種輕罪，康熙則建立起了專門的監禁制度，也就是送到京城郊外的甕山，讓他們去那兒剪草喂馬。甕山到了清末，就進了頤和園，成了萬壽山。而這個責任制度，就是設立了一個責任制，最高的總管太監負責管理中間的首領太監，而首領太監則負責管理普通太監。總管太監人數很有限，大多數的責任都落在了首領太監身上。一般來說，不超過十個太監為一組，每組一個首領太監，下面的出了事，要牽連上面的。普通太監能享受到多少自由，基本上取決于首領太監的態度。

感覺上，這套制度可以把太監群體都管起來，實際上，康熙從實踐上給少部分的太監開了很多例外。正是因為康熙相信自己，他才會對少部分自己熟識的太監大開綠燈，而越是他不熟悉的太監，越容易被加重懲罰。而他熟悉的少數精英太監，比如陳福、李玉和梁九功等等，他就經常讓他們代為傳旨。這里的傳旨不只是字面上的“傳”，有時候只是口頭委托，隱含了一定的解釋空間，讓太監能夠擴大權力。而這些受寵的太監，能夠積累起不小的財富，還能用這些錢去修建寺廟，壯大自己宮外的聯系網絡。

除了在宮中傳旨，這些太監還經常跟傳教士一起被派去處理外交事務，例如康熙晚年最倚重的太監之一，魏珠，就曾經調解過俄羅斯使臣和清朝皇帝的矛盾。為什么康熙這么信任太監？可以歸為三大原因。第一個原因很現實，就算康熙再怎么批評明朝皇帝怠惰，他也做不到熟悉所有太監。要管好他們，他必須依靠少部分的總管太監，這就使總管太監們擁有了他們的權力基礎。第二，康熙欣賞懂各種技術的人，包括西方來的外來學問和民間的奇技淫巧，而很多太監沒有接受儒家傳統教育，會很多實用小技巧。例如，在康熙的太子廢立風波中，有一次懷疑廢太子胤礽用了明礬做的隱形墨水，而魏珠因為會讓文本顯形的辦法，便參與了調查。這還不夠，魏珠能送給俄國使者自己做的琺瑯表和來復槍，還能和愛聽戲的皇帝經常探討京城戲曲風格的發展，可見他的學識之廣泛。第三，康熙并不擔心自己過分信任太監，因為他經常和官員們直接見面，不會被太監孤立于宮中。

然而，隨著康熙晚年精神狀態每況愈下，代筆、傳旨的需求越來越大，太監在宮中的影響隨之越來越大。這在雍正繼位前后的權斗中尤其明顯，太監甚至成為皇子爭取的對象。例如皇八子胤禩和皇九子胤禟一派，就和太監過從甚密。胤禩母親出身不好，所以他格外努力地想要表現自己，其中一個辦法就是拉攏康熙身邊的梁九功和李玉。后來，李玉被查出挪用國庫的六萬兩白銀，資助胤禩活動，導致自己被抄家。胤禩厚賞自己的親信太監閆俊，讓他幫自己掩蓋罪行，并且，雍正后來還指控胤禩借太監之口散播謠言，詆毀雍正。而胤禟，則是讓身邊的太監到宮外幫他斂財，比如他派太監何玉柱去東北盜采人參，到了東北以后就毆打當地商人，逼他們賤賣，等到了過關要交稅的時候，就把官員也打一頓，“物理”避稅。還有什么敲詐、勒索、詐騙等等，反正只要來錢快的事，都敢干。然后，胤禟再拿這些錢賄賂宮中太監，擴大自己的影響力，連陳福、魏珠這樣的大太監，都收過他的賄賂，為他報告康熙的起居細節，并幫他在康熙面前說好話。為了感謝魏珠，胤禟甚至還允許魏珠收了自己的兒子做“養侄”。如果熟悉九子奪嫡的故事，你可能就知道這兩個阿哥后來被雍正打擊，被削除宗籍，最后死在獄中。

奇怪的是，雍正雖然嚴詞警告說他兄弟們的家里“有奸惡太監數人”，引誘主人做壞事，但在之后的殘酷政治斗爭中，雍正卻放過了太監們，很多都免于死罪，只是監禁或者流放。就連被指控侵占皇陵、貪污數百萬銀兩的魏珠，雍正本來說就算凌遲了也不算過分，但最后也只是被抄家后軟禁。雍正對涉案的太監寬大處理的原因，雍正自己解釋是念及兄弟舊情，而且要保守皇家機密，但是按作者推測，是雍正繼位本就有一定爭議，而此時太監群體已經在宮內有一定影響力，雍正可能有所忌憚。特別是在內部輿論上，到處傳話的太監影響力特別大，比如說雍正暗改圣旨的傳言就出自宮中太監。可以說，雍正在繼位風波中體會到了太監在宮中的重要性，所以更加警惕。雍正很不信任太監，不讓太監接觸機密的議政。他還專門下令要嚴格篩選皇子身邊的太監，給他們安排一些“蠢笨”太監，不能讓聰明太監服侍皇子。他還曾經專門下諭旨，說太監私下里有說有笑的，見了他就馬上沒聲音了，這樣很不好，其實就是擔心太監在背后說他壞話。此外，雍正也很注意限制太監在宮外的角色，要求嚴查太監家庭有沒有和王爺或者地方官勾結。

但另一方面，雍正在繼承康熙制度基礎上，進行了一定的創新，給了太監更多激勵。例如，他給從宮中退休的太監提供資助，還為他們專門開辟了墓地。但最重要的是，雍正重新恢復了康熙時期廢除的太監品級制，并把給他們的薪水翻了一番，表現好的太監會被獎賞升官，以此激勵太監勤奮工作。不僅如此，雍正時期的太監人事管理可以說是相當松弛，比如有個案子說有個姓竇的王府太監私藏孩子，還在宮外搞詐騙，然而因為沒有檔案記錄，雍正得專門下令調查各個王府里是不是有這么一號人。

可以說，康熙建立了一套下嚴上松的太監制度，而且設計嚴格但執行寬容，而雍正則是制度寬容但態度警惕。但到了乾隆，清朝的太監制度才算真正改變了軌跡。