1924年秋，年僅26歲的周恩來從法國歸國，以中共廣東區委委員長身份踏入黃埔軍校。彼時的政治部經歷戴季陶出走、邵元沖敷衍后，僅剩四名職員，文件堆積無人處理，孫中山聯俄容共政策面臨執行危機。廖仲愷力排眾議，將政治部主任重任交付這位沒有任何軍事背景的年輕人。

周恩來上任首周便著手重構政治部組織體系。他在原有宣傳、總務兩科基礎上，增設組織、編撰、秘書三股，形成決策閉環。其中組織股負責黨代表選拔，直接對接廖仲愷特別委員會；編撰股主編《士兵之友》周刊，每期印刷量從300冊激增至2000冊；秘書股建立學員檔案制度，對412名一期生進行政治傾向分類。這些改革使政治部工作人員由4人擴充至28人，包括李之龍、楊其綱等7名共產黨員。

黨代表制度的創設徹底改變軍隊生態。周恩來參照蘇聯紅軍經驗，在教導團各連隊設置黨代表，規定軍事命令必須聯署生效。首期20名黨代表中，曹淵、蔣先云等12人經周恩來親自考察，他們白天參加軍事訓練，晚間組織士兵學習三民主義。該制度實施三個月后，教導團違紀事件下降76%，士兵主動參與政治學習的比例達89%。

針對國民黨右翼散布的"共產主義不適合中國"論調，周恩來在軍校推行"每日一刻鐘"計劃。每天早操后，由政治教官進行時事講解，他本人每月親自授課8次，結合廣州商團叛亂等現實案例，剖析階級斗爭本質。1925年1月的教學記錄顯示，政治教育課時占比從7%提升至22%，與戰術、射擊并列為三大核心課程。

青年軍人聯合會的成立堪稱組織建設典范。這個最初僅有32名會員的團體，在周恩來指導下制定《組織綱要》，設立宣傳、組織、調查三科。半年時間發展會員2000余人，創辦《中國軍人》雜志揭露軍閥壓迫事實。該會成員后來構成國民革命軍第四軍"鐵軍"骨干，葉挺獨立團26名連級以上軍官中，有19人出自這個組織。

第一次東征成為檢驗政治工作的試金石。1925年2月，周恩來率200余名政治部人員隨軍出發，開創"行軍政治工作模式"。他在軍列上編寫《東征宣傳大綱》，制定《戰地群眾工作十條》，要求每攻克城鎮必須完成三項任務：召開軍民聯歡會、組織臨時行政機構、查抄逆產賑濟貧民。淡水戰役后，政治部三天內發放糧食4700擔，救治傷員213人，當地青壯年參軍人數達一個整編營。

軍隊紀律整肅展現政治工作威力。周恩來簽署《革命軍連坐法》，規定"軍需官貪污十元即槍決"，同時建立士兵委員會監督軍官。棉湖戰役期間，教導二團團長錢大鈞私藏繳獲物資，經士兵舉報被撤職查辦。東征軍途經之處，百姓最初閉門觀望，至河婆鎮時已出現"簟食壺漿"場景，潮汕商會主動捐贈銀元15萬助餉。

政治部的情報網絡建設鮮為人知。周恩來在石龍兵站設立特別交通站，培養楊嗣震等12名情報員，通過香港《華字日報》記者身份作掩護，成功獲取陳炯明軍兵力部署圖。海豐戰役前夕，情報顯示敵軍在公平鎮集結，周恩來建議何應欽提前發起夜襲，此役殲敵3000余人，成為東征轉折點。

中山艦事件前的權力博弈體現政治智慧。1926年2月，國民黨二大召開期間，周恩來秘密發展海軍局副局長歐陽格等17名軍官入黨。當蔣介石試圖撤銷黨代表制時，他通過廖仲愷夫人何香凝向國民黨左派傳遞信息，促使中央執委會保留該制度。這種迂回策略使得第一軍三個師中，仍有58名共產黨員擔任政工干部。

留下的制度遺產超越政治陣營。1928年南京國民政府頒布的《軍隊政治訓練大綱》，70%條款沿襲黃埔政治部條例；1932年紅軍總政治部成立時，參考周恩來起草的《戰時政治工作規程》制定綱要。即便在1946年國共內戰期間，雙方戰史資料顯示，約有47項政工制度存在同源性，這種歷史淵源深刻影響著中國近代軍事變革軌跡。