大明嘉靖14年，鄭王府第五代鄭王朱厚烷世子朱載堉出生，第一代鄭王是朱瞻埈，是明仁宗朱高熾次子，朱載堉在嘉靖二十四年被封為世子， 成為鄭王的繼承人，此時依據大明的律法應當娶妻。

但令人意想不到的是，其父朱厚烷因譏諷嘉靖好道追求長生不老，引發嘉靖帝震怒，在這種情況下，一向跟朱厚烷關系不好的宗室朱祐橏趁此機會，向嘉靖帝誣告朱厚烷意圖謀反，雖事后查無實據，但作為藩王繼位嘉靖對此尤為敏感，于是嘉靖將朱厚烷發配鳳陽圈禁，受父親影響，15歲朱載堉也被革去了世子封號，以示懲戒。

按規定，親王、郡王獲罪禁錮高墻，并不奪其封國，子孫仍需在封國王府內居住，只是暫時不能管理府內宗族大小事宜。因此，身為鄭王世子的朱載堉，依舊居住在指定的王府內。

但朱載堉知道父親是受冤被囚，一時氣不過，卷起鋪蓋，搬到了王府外邊。在今天老府門一帶，蓋起一座小土屋，自號“狂生”，并發誓，父親的冤案什么時候平反，他就什么時候回家，這一住就是19年。史載：“痛父非罪見系，筑土室宮門外，席藁獨處者十九年”。嘉靖對此置之不理。

直到隆慶元年，嘉靖的兒子明穆宗繼位后才下旨平反了鄭王冤案，而在此時鄭王宗藩遭遇一個很大的問題，就是大宗絕嗣，也就是當年明武宗無子的問題，當初朱厚烷的父親老鄭王朱祐枔無子，依照《皇明祖訓》要求，兄終弟及，擇選出適合繼承王位的候選人，按照世系排位，下一任鄭王理應為其三叔、恭懿王朱見濍之子朱祐橏。但因這一支先前曾獲罪，所以最終朝廷決定讓朱祐枔的四叔、東垣端惠王這一支的后人朱祐檡襲爵，此即為朱載堉的祖父。

這就埋下了禍根——從此，鄭藩盟津王一系與東垣王一系水火不容，才有了朱祐橏誣告朱厚烷謀反的事情發生。自從父親朱厚烷蒙冤后，朱載堉離開王府，幽居土屋，靜心讀書，將一切精神寄托投射到自己感興趣的學術上。

朱載堉出府閑居的第三年，其祖母閻太妃就給年滿18歲的他說親，卻遭到了朱載堉的拒絕。當時的朱載堉每天都生活在隨時可能墮入深淵的恐懼和不安中。身為人子，他唯一想做的就是冒死替父親鳴冤，希望鄭王一系也能恢復如常，但嘉靖顯然不會給朱厚烷平反，而且在朱載堉離開王府之后，嘉靖皇帝順勢將鄭王府內大小事務交托他人，朱載堉就此徹底邊緣化。

不在王府就沒有俸祿，朱載堉常常迫于生計，走市井，串集鎮，與販夫走卒為伍，15歲王子體驗了從未有過的世態炎涼。感受到了生活的艱辛，為了吃一口飽飯，朱載堉不得不到跑到南邊200里外的登封少林寺尋求佛學洗禮。在那里，他遇到了一生的知己松谷和尚。松谷和對于這名落難王子的遭遇，松谷深表同情。

在朱載堉求佛的路上，松谷亦師亦友，不僅為他指點迷津，更協助他完成了《金剛心經注》。在少林寺期間，朱載堉通過佛法逐漸從憤懣冤屈中走了出來，人也變得豁然開朗。

嘉靖四十五年十二月嘉靖駕崩，次年，囚禁在鳳陽18年朱厚烷終于獲釋，緊接著32歲的朱載堉也搬出自建房，返回王府居住。由于此時的朱載堉還是光棍一條。隆慶皇帝都關心起這個堂兄的婚事，在隆慶四年，35歲的鄭王世子朱載堉才算娶妻。

按說，在外嘗遍辛苦的富貴公子，回家第一件事大致就是盡情揮霍，瀟灑度日。可朱載堉不是，這些年精研經史子集、結交三教朋友的平民已是他生活的常態，在這種情況下，朱載堉開始對中國古典音樂產生了濃厚的興趣。

當時，中國人對于樂律的推算方式仍沿用先秦時期著作《管子》中提及的“三分損益法”。也就是將樂律中固定的弦長分成三等份，以增加1/3或減少1/3弦長達到變音的效果。通過這種方式，即：“宮、商、角、徵、羽”，并由此延伸至七聲音階中的變徵、變宮兩音。

當一段樂譜已經將五聲音階完美重現后，用“三分損益法”卻無法將樂曲進行精準升華，也就是無法旋宮轉調，致使樂曲一直停留在音色不準的狀態。為了達到旋宮轉調，朱載堉查閱了大量書籍后認為，樂律運行的規律其實與“天道”有著莫大的聯系，甚至可以說樂律本身就是天地自然在音樂當中的反映：“蓋十二律黃鐘為始，應鐘為終，終而復始，循環無端，此自然真理，猶貞后元生，坤盡復來也。”

朱載堉在傳統樂律的基礎上，他將一個“八度”平均分成十二等份，每等分稱為“半音”，并規定任意相鄰的半音為相同的音程，可組成一個“閉圈”，完成返宮，使音樂聽起來更協奏。這就是現代音律界通用的“十二平均律”，也稱為“新法密率”。十二平均律的發現，不僅解決了中國2000多年來音樂界的轉音難題，更影響了后世歐洲古典音樂的發展。

融會貫通，朱載堉知道，“天運無端，惟數可測其機”。既然通過推演數學，可得出相應的概率，預測天機。那么，與天理相通的音律，同理也與數學相通。為了驗證自己的理論，朱載堉發明了一種橫跨81檔的特大算盤，進行開平方、開立方根的計算，提出了“異徑管說”。以此為據，他又設計并制造出用于定音調音的弦準和律管。為了將這套在世界音樂界和數學界皆具有劃時代意義的理論傳承下去，他嘔心瀝血，花了整整14年時間，完成了體量巨大的《樂律全書》。

《樂律全書》中發明的十二平均律，以復雜的數學計算及樂器的實際實驗，在世界上最先算出以比率精確到小數點后25位數，將八度音等分為十二律，且實際制造出相應的律管及弦樂器，他最晚在1581年即提出這個概念，比比利時數學家兼軍事工程師斯特芬在西方音樂史上提出類似理論還要早，此外斯特芬并未發表其論文，也未能算出正確的比率1.059463。

直到1638年法國科學家馬蘭·梅森出版《和諧音概論》，方才書中在西方世界第一次出現1.059463 這個數字，在此之前西方無人知道這個數字，因此西方真正掌握十二平均律，并非斯特芬，而是梅森，比朱載堉晚了數十年。

要得到完整的十二平均律必須要有幾個數學前提，完整的微積分，完整的解析幾何，完整的機械波的函數研究。就是說朱至少用了這三種理論推導出了十二平均律的等比數列。換句話說，沒有這三個理論，是不可能推出十二平均律的，朱的主要貢獻至少占一項理論。

有了“十二平均律”理論體系加持的朱載堉隨即又投身天文歷法的研究。以明代首都北京為藍本，他通過仔細的觀測和計算，最終求出了計算回歸年長度值的公式，并獲得了明代北京城的大致方位坐標。

1986年，當專家們用現代高科技的測量手段對朱載堉關于1554年和1581年這兩年的計算結果進行驗證時，他們驚訝地發現，朱載堉的測算結果與今天的精密測算幾乎相同。朱載堉因此被公認為中國歷史上第一個精確計算出北京地理坐標(北緯39°56′,東經116°20′)的人。

就在這是時候，連年的糧食歉收波及了河南、山西、陜西等地，萬歷十五年，河南開封、懷慶府等地更是相繼發生地震，朱載堉立即下令開放府內糧倉，賑濟災民，以求共渡難關。但朱載堉也明白，這場波及多省的大饑荒，與明代分封各地的宗藩“白吃俸祿”有著莫大的關系。萬歷二十一年，朱載堉以鄭王世子的身份正式向朝廷提出七條申請，其中就包括宗室子弟“不愿受封者，許同民俊考送泮學”。

朱載堉而言，這不過是他想舍棄宗室身份、讓國辭爵的第一步，不久后，萬歷就正式收到了鄭王世子朱載堉請求出爵讓國的奏疏。然而辭爵讓國此等大事，大明開國200多年來，破天荒頭一回，無前例可參照。因此直到12年后，朱載堉在萬歷三十三年第七次上奏，萬歷才被這位宗伯的誠意所打動，準許朱載堉辭爵。但朱載堉及翊錫以世子世孫祿終其身，子孫仍封東垣王。

朱載堉如愿以償，從此擺脫了宗族身份的束縛。讓爵之后，他自稱道人，萬歷三十九年四月初六日，朱載堉病逝，終年76歲，葬九峰山之原，賜號“端清”。

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