弘治元年( 1488年)，朝廷升貴州布政使左參政鄭時為右副都御史繼任鄖陽巡撫。鄭時，字宗良，北直隸舒城人，景泰辛未(景泰二年、1451 年)科進士。四月，鄭時上奏朝廷，請求在鄖陽添設驛站，以加快傳遞速度，獲批準。朝廷升荊州衛指揮使董銘為廣西都指揮僉使，由他的兒子襲荊州衛指揮使。

弘治二年五月，鄭時改任湖廣巡撫，由鄖陽布政使(管陜西)戴珊升任右副都御史繼任鄖陽巡撫。戴珊，字廷珍，江西浮梁人，天順甲申(天順八年、1464年)科進士。十月，鄖陽、襄陽等地的豪門大戶利用或者新挖山洞隱匿流民，驅使他們為自己勞動而從中獲利。戴珊出示榜諭，命令各地豪戶遣散流民，并鼓勵流民自首。戴珊自創“為營陣法”教練軍伍。又以房縣地闊、東西千里、山深林密、縣令鞭長莫及為由上奏朝廷，割修文、宜陽二里(縣之下行政單位)新置保康縣，仍屬鄖陽府。

弘治三年五月，四川大盜野王剛翻越大巴山瘋狂搶劫平利、竹山等縣，民眾相率逃離家園避入深谷。巡撫戴珊會合川、陜之兵，又令副使朱漢等人剿捕，生擒其頭領和千余名匪眾，按當時的法律應該全部處死，但戴珊只完辦了首犯，其余皆以脅從論處，全部免死。此后這批盜賊再無聚嘯，此舉被鄖陽人譽為德政。戴珊請示朝廷批準恢復了荊州府的興山縣。

弘治四年二月，戴珊改任刑部右侍郎，由山東左布政使王道升任右副都御史繼任鄭陽巡撫。王道，字允中，北直隸蠡縣人，天順丁五(天順元年、1457年)科進士。

弘治五年七月，朝廷升都指揮金事、鄖陽衛指揮使康泰為那陽守備。十一月，朝廷升襄陽衛指揮同知呂鐘為湖廣行都司都指揮金事，由他的兒子呂高襲襄陽衛指揮同知。

弘治七年春，王道獲準抱病還鄉，由鄖陽布政使沈暉升任右副都御史維任鄖陽巡撫。沈暉，字時腸，南直隸宜興人，天順庚辰(天順四年、1460年)科進士。他上任之后即宣布允許各地無耕地的農民可以耕種那些廢棄的土地，并且免租稅3年，使得藩鎮之內一下就增加了成熟土地數千頃。二月，沈暉命人在鄖陽城內開挖十口水井，結束了鄖陽市民挑擔飲用江河之水的歷史，并寫有《十井記》傳世。他還把鄖陽城內的唐德觀(唐代為供奉尉遲恭所修的廟宇)改為迎恩觀，專門作為官府迎接皇諭和祈禱國家長治久安的場所。十月，沈暉批準在襄陽與樊城之間架設漢江浮橋和修繕均州儒學。十一月， 朝廷批準沈暉所奏，任命鄖陽守備康泰為湖廣行都司都指揮使、安陸衛帶俸都指揮金事黃壽為荊瞿守備、荊州衛帶俸都指揮金事宮纓為鄖陽守備。該月，貴州、廣西發生苗亂，朝廷調湖廣行都司所屬的瞿塘、夷陵、荊州、襄陽等衛之兵平亂，此后鄖陽之兵一直長期輪換駐守南疆。十二月，朝廷命康泰為鄖陽右參將。

弘治八年五月，朝廷升荊瞿守備許瑛的孫子許風襲荊州衛指揮使、湖廣行都司都指揮金事王壽的孫子王偉襲安陸衛指揮使。

弘治九年十月，沈暉改任湖廣巡撫，由廣東左布政使黎福升任右副都御史維任鄖陽巡撫。黎福，字天賜，江西樂平人，成化丙戌(成化二年、1466 年)科進士。弘治十年四月，朝廷選用衡陽衛帶體指揮僉事常玉為湖廣行都司軍政金書。弘治十一年十一月，英國公張懋等人上奏:“提督湖廣太和山內臣，不許分守湖廣行都司地方。”然而，皇帝只是要求那陽巡撫和太和山總管大監各自自律。弘治十二年九月，黎福升任南京兵部右侍郎，由右副都御史陳清維任鄖陽巡托，陳清，字廉夫，山東宜都人，天順甲中(天順八年，1464 年)科進士。十月，朝廷準原巡撫黎福所奏，任命荊襄守備黃泰管理湖廣行都司軍政事務。當年，始建鎮鄖樓，即鄖陽鐘鼓樓。

故指十三年七月，有一個叫何誰的人在利州自職“一護平王”企政點保康熟的在用州、 集用帶國處掠奪，陳清派道市政回參漢水下用南道陳睿、鄖陽按察司金事李善和襄陽衛指揮同知呂高討伐于宜城。秋，陳清批準在鄖陽各城門設甕城，并在東門之上建譙樓用于遠望東、南楊溪川和漢江。

十二月，朝廷命湖廣行都司指揮僉事徐祥的兒子徐琰為鄖陽衛指揮使，正式任命黃泰為湖廣行都司都指揮同知、掌印，命鄖陽守備聶輔為湖廣行都司金書。弘治十四年閏七月，陳清改任戶部右侍郎、倉場提督，由右副都御史樊瑩繼任鄖陽巡撫。樊瑩，字廷璧，浙江長山人，天順甲申(天順八年、1464 年)科進士。當時，鄖陽藩鎮內的民眾不堪何淮的騷擾蹂躪，紛紛躲避于深山，樊瑩就加強衛所的防護力度，讓民眾回家，不許官府輕易擾民，民眾漸漸安定了下來。十一月，樊瑩改任南京刑部左侍郎，由右副都御史王鑒之繼任鄖陽巡撫。王鑒之，字明仲，浙江山陰人，成化戊戌(成化十四年、1478 年)科進士。王鑒之派軍繼續征剿，活捉了何淮，荊襄得以安寧。朝廷升陳睿、李善、呂高各一級。

弘治十五年八月，王鑒之整頓修飭鄖陽文昌宮墻和府學宮，并為府學宮添置用于祭祀的樂器兩件。批準鄖陽知府胡倫重修盛水、武陽二堰，讓分守、提督太和山太監李麟，參議華山資助此項工程，命都指揮金事甄昂派軍士幫助修筑，指定鄖陽衛指揮使徐琬、鄖陽府推官周訓督管。胡倫，四川人，王鑒之評價他:“明敏練達，剛方惠和，對于民事無利不興，無弊不革。”保康設縣以后-直無城， 王鑒之任內筑之。

弘治十六年，王鑒之有感于府學的規模與藩鎮所在地的地位不相稱，就趁鄖陽府庫有贏余、地方有余力之機，命知府胡倫重修。新的府學宮大成殿為9間，是原來的3倍，進深4丈，一切都是原來的2倍，規模高大宏偉，裝飾雕梁畫棟，殿堂之前和兩邊筑有臺階，左右兩側廡房環列，先師先賢的牌位排列莊嚴。

弘治十七年五月，朝廷任命湖廣行都司都指揮同知黃燾為鄖陽右參將，分守湘、黔、桂交界處的靖州地方。

弘治十八年(1505年)六月，王鑒之改任湖廣巡撫，由右副都御史孫需繼任鄖陽巡撫。孫需，字子吉，江西德興人，成化王辰(成化八年、1472 年)科進士。當月，皇帝準兵部所奏，認為均州太監齊玄的職務并不是按規定設置的，前不久任命他為鄖陽鎮守不合規矩，“齊玄既非額設取回京”。十一月， 王鑒之升任南京刑部右侍郎。