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針對(duì)隱藏在大腦中的 “定時(shí)炸彈”,創(chuàng)新蛋白降解分子有望填補(bǔ)致命腫瘤的治療空白!

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編者按:膠質(zhì)母細(xì)胞瘤(GBM)是成人中樞神經(jīng)系統(tǒng)中最具侵襲性的惡性腫瘤之一。在接受了手術(shù)、放療和化療等標(biāo)準(zhǔn)治療之后,患者的整體生存狀況仍不甚理想,這一現(xiàn)狀凸顯了該領(lǐng)域迫切的未竟臨床需求。


近期,

Journal of Medicinal Chemistry
期刊報(bào)道了一種針對(duì)IDO1的新型蛋白降解靶向嵌合體(PROTAC)分子的優(yōu)化策略。通過分子結(jié)構(gòu)優(yōu)化,研究團(tuán)隊(duì)成功開發(fā)出了具有高選擇性和強(qiáng)效降解能力的候選化合物分子NU227326,其在動(dòng)物模型中展現(xiàn)出良好的腦部滲透性和針對(duì)靶標(biāo)的高度選擇性,有望填補(bǔ)現(xiàn)有GBM治療手段的空白。美國(guó)西北大學(xué)Gary Schiltz教授與洛約拉大學(xué)醫(yī)學(xué)中心的Derek Wainwright教授為共同通訊作者。論文指出,藥明康德生物學(xué)平臺(tái)的輝源生物為該研究成功構(gòu)建了HiBiT細(xì)胞系,提供了PROTAC功能驗(yàn)證的細(xì)胞學(xué)檢驗(yàn)方法,并充分驗(yàn)證了優(yōu)化型PROTAC更強(qiáng)有力的IDO1降解效果,為藥代動(dòng)力學(xué)以及最大耐受量毒性分析奠定了基礎(chǔ)。


隱藏在大腦中的“定時(shí)炸彈”

GBM作為中樞神經(jīng)系統(tǒng)最具侵襲性的惡性腫瘤類型之一,其臨床治療面臨嚴(yán)峻挑戰(zhàn):患者確診后的中位總生存期(mOS)僅12~15個(gè)月,五年生存率不足5%,這一生存數(shù)據(jù)在過去數(shù)十年間幾乎未見顯著改善。盡管近年來癌癥研究領(lǐng)域的技術(shù)革新為GBM的分子機(jī)制解析帶來了突破性進(jìn)展,但如何將這些基礎(chǔ)研究成果轉(zhuǎn)化為切實(shí)的臨床獲益,仍是神經(jīng)腫瘤學(xué)領(lǐng)域亟待解決的關(guān)鍵問題。

在GBM的免疫逃逸機(jī)制中,吲哚胺2,3-雙加氧酶1(IDO1)發(fā)揮著雙重調(diào)控作用:

一方面,作為色氨酸代謝過程中的關(guān)鍵酶,IDO1可將色氨酸代謝為下游的犬尿氨酸。體外研究結(jié)果表明,低水平的色氨酸或高水平的犬尿氨酸會(huì)抑制T細(xì)胞的功能,甚至誘導(dǎo)T細(xì)胞死亡。

但另一方面,越來越多的證據(jù)表明,IDO1還可能通過非酶效應(yīng)介導(dǎo)免疫抑制。值得注意的是,IDO1在在多種惡性腫瘤(包括GBM)中普遍過表達(dá),且與患者的不良預(yù)后顯著相關(guān)。

然而,過去十余年間以IDO1為靶點(diǎn)的小分子抑制劑臨床試驗(yàn)未能給患者帶來顯著的生存獲益。研究人員推測(cè):傳統(tǒng)酶活性抑制策略可能僅能部分阻斷IDO1的免疫抑制功能,但它的非酶依賴機(jī)制仍可持續(xù)發(fā)揮作用。因此,若要徹底解除IDO1介導(dǎo)的免疫抑制,必須同步靶向其酶活性和非酶功能。

在此背景下,靶向蛋白降解(TPD)技術(shù)展現(xiàn)出獨(dú)特優(yōu)勢(shì):通過直接清除IDO1蛋白,可同時(shí)阻斷其雙重作用機(jī)制,從而為GBM的治療提供全新解決方案。

PTOTAC讓“老”靶點(diǎn)煥發(fā)新生

PROTAC是一種創(chuàng)新的小分子藥物形式,能夠通過特殊的機(jī)制來選擇性地降解致病蛋白質(zhì)。這種機(jī)制涉及將目標(biāo)蛋白質(zhì)招募到E3泛素連接酶上進(jìn)行泛素化修飾,進(jìn)而使其通過細(xì)胞的蛋白酶體途徑被降解。PROTAC由兩個(gè)配體組成,它們通過一個(gè)連接子相連:一個(gè)配體專門與目標(biāo)蛋白結(jié)合,而另一個(gè)配體則負(fù)責(zé)與E3連接酶結(jié)合。當(dāng)目標(biāo)蛋白和E3連接酶被招募到足夠近的距離時(shí),后者將催化目標(biāo)蛋白的泛素化過程,進(jìn)而導(dǎo)致其被蛋白酶體降解。


相較于傳統(tǒng)的小分子藥物,PROTAC藥物發(fā)現(xiàn)策略具有幾項(xiàng)顯著優(yōu)勢(shì),包括更高的選擇性和對(duì)先前被認(rèn)為“不可成藥”的蛋白質(zhì)靶點(diǎn)的攻擊能力。經(jīng)過數(shù)十年的技術(shù)演進(jìn),PROTAC已從實(shí)驗(yàn)室概念發(fā)展為具有明確臨床價(jià)值的治療策略,目前多個(gè)進(jìn)入臨床研究的PROTAC分子充分驗(yàn)證了這一技術(shù)的轉(zhuǎn)化潛力。此外,PROTAC還可以作為一種有效的研究手段,通過精確清除特定蛋白,深入解析目標(biāo)蛋白的生物學(xué)功能及其非經(jīng)典作用機(jī)制。

這種雙重價(jià)值在IDO1靶向治療中表現(xiàn)得尤為突出:設(shè)計(jì)靶向IDO1的PROTAC既能全面阻斷其酶催化活性和非酶依賴性免疫抑制功能,又可為闡明IDO1在腫瘤微環(huán)境中的復(fù)雜調(diào)控網(wǎng)絡(luò)提供有力工具。

新型IDO1靶向PROTAC的誕生

2022年,該研究團(tuán)隊(duì)成功開發(fā)了一款靶向IDO1的PROTAC分子NU223612,該分子創(chuàng)新性地將高選擇性IDO1抑制劑BMS-986205作為IDO1靶向配體,與E3泛素連接酶中的底物受體蛋白cereblon(CRBN)通過連接子共價(jià)結(jié)合。

體外實(shí)驗(yàn)證實(shí),NU223612通過腹腔給藥后能在腦組織中達(dá)到2 μM的有效濃度,并在顱內(nèi)膠質(zhì)母細(xì)胞瘤小鼠模型中成功降解IDO1蛋白,顯著延長(zhǎng)了模型動(dòng)物的生存期。基于這些積極結(jié)果,研究團(tuán)隊(duì)著手對(duì)該先導(dǎo)化合物進(jìn)行優(yōu)化,重點(diǎn)提升其對(duì)IDO1的降解效率,同時(shí)改善其血腦屏障穿透能力和整體藥代動(dòng)力學(xué)特征。

這項(xiàng)研究采用系統(tǒng)化的模塊優(yōu)化策略,針對(duì)先導(dǎo)化合物NU223612的三個(gè)核心結(jié)構(gòu)單元——CRBN配體、連接子和IDO1靶向配體分別進(jìn)行結(jié)構(gòu)修飾。通過這種設(shè)計(jì)策略,研究人員得以全面評(píng)估各結(jié)構(gòu)單元對(duì)藥物分子效力、效能及生物利用度的具體影響,為開發(fā)具有理想藥效和藥代特性的腦靶向IDO1降解劑奠定基礎(chǔ)。

基于分子建模分析,研究團(tuán)隊(duì)首先系統(tǒng)考察了連接子取代位置對(duì)降解活性的影響,發(fā)現(xiàn)CRBN和IDO1配體連接方式的微小改變即可顯著影響降解效力。這一發(fā)現(xiàn)促使研究人員將優(yōu)化重點(diǎn)轉(zhuǎn)向連接子剛性改造,先后設(shè)計(jì)合成了PROTAC 10-13及進(jìn)一步優(yōu)化的18、19系列分子。

通過體外降解實(shí)驗(yàn)分析,研究人員發(fā)現(xiàn)連接子組成及其與E3連接酶/IDO1配體的結(jié)合模式共同決定了PROTAC的降解效率。在保持剛性骨架的基礎(chǔ)上,團(tuán)隊(duì)對(duì)連接子結(jié)合到IDO1配體/CRBN配體的取代基進(jìn)行精細(xì)優(yōu)化,成功獲得兩個(gè)具有顯著降解性能提升的先導(dǎo)化合物:PROTAC 20和PROTAC 21。這兩個(gè)分子在多種人源腫瘤模型中展現(xiàn)出廣譜降解活性,包括七種不同來源的惡性腫瘤細(xì)胞,且其作用機(jī)制嚴(yán)格依賴CRBN介導(dǎo)的泛素-蛋白酶體系統(tǒng)。


▲先導(dǎo)化合物分子結(jié)構(gòu)及IDO1降解特征(圖片來源:參考資料[1])

藥代動(dòng)力學(xué)分析表明,先導(dǎo)化合物PROTAC 21(代號(hào):NU227326)表現(xiàn)出更優(yōu)的血漿半衰期(5.7小時(shí))和腦組織滯留性,而PROTAC 20(代號(hào):NU227327)具有更強(qiáng)的血腦屏障穿透能力(腦/血漿暴露比達(dá)10%)。蛋白質(zhì)組學(xué)分析進(jìn)一步證實(shí),這兩個(gè)先導(dǎo)化合物分子均保持高度選擇性,僅誘導(dǎo)不超過5種非靶蛋白的降解。這些發(fā)現(xiàn)為后續(xù)開發(fā)兼具高效降解活性和良好腦部暴露特性的IDO1 PROTAC分子提供了重要結(jié)構(gòu)參考。

基于當(dāng)前研究成果,研究團(tuán)隊(duì)下一步將重點(diǎn)評(píng)估NU227326在免疫活性GBM動(dòng)物模型中的治療潛力,系統(tǒng)考察該化合物在整個(gè)疾病進(jìn)展過程中對(duì)腫瘤微環(huán)境及免疫調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的動(dòng)態(tài)影響,這些工作將為我們深入理解IDO1 PROTAC在GBM治療中的作用機(jī)制指明新的方向。

參考資料:

[1] Monsen, Paige J et al. “Rational Design and Optimization of a Potent IDO1 Proteolysis Targeting Chimera (PROTAC).” Journal of medicinal chemistry vol. 68,4 (2025): 4961-4987. doi:10.1021/acs.jmedchem.5c00026

[2] Dewdney, B., Jenkins, M.R., Best, S.A. et al. From signalling pathways to targeted therapies: unravelling glioblastoma’s secrets and harnessing two decades of progress. Sig Transduct Target Ther 8, 400 (2023). https://doi.org/10.1038/s41392-023-01637-8

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