由于海關總署設有正廳局級的海關緝私局（屬于公安部門的一種）、還有中國民用航空局也設有副廳局級的公安局，所以這就導致許多人對于國家鐵路局和鐵路公安局的關系產生了誤解。例如，有相當一部分人認為：鐵路公安局也是國家鐵路局的一個內設機構；還有一部分人認為：國家鐵路局是鐵路公安局的上級，前者可以領導指揮后者的相關工作。

但實際上，持上述這兩點觀念的人都陷入了誤區，其實除了名字上都帶有“鐵路”二字頗具迷惑性外，國家鐵路局和鐵路公安局根本是八竿子都打不著的兩個獨立部門，彼此不是上下級也沒有隸屬關系。

首先，我們要明白，國家鐵路局是交通運輸部管理的一個副部級國家局，于2014年1月6日正式揭牌，其前身曾是原鐵道部的一部分。2013年3月，根據當時的國務院機構改革和職能轉變方案，鐵路系統要嚴格落實“政企分開”原則，其中原屬鐵道部負責的擬訂鐵路發展規劃和政策的行政職責劃入了交通運輸部，交通運輸部由此組建了國家鐵路局作為鐵路行業的政府主管部門，同時令其承擔起鐵路行業的相關行政監管職責。而鐵道部的企業職責則是由中國鐵路總公司（即現在的中國國家鐵路集團有限公司）負責。

國家鐵路局作為鐵路行業的政府主管部門，它的主要職責和監管對象都是圍繞“鐵路”這一主體進行的，具體包括：1、起草鐵路監督管理的法律法規、規章草案，參與研究鐵路發展規劃、政策和體制改革工作，組織擬訂鐵路技術標準并監督實施；2、負責鐵路安全生產監督管理，制定鐵路運輸安全、工程質量安全和設備質量安全監督管理辦法并組織實施；3、監督鐵路運輸服務質量和鐵路企業承擔國家規定的公益性運輸任務情況；4、負責組織監測分析鐵路運行情況，開展鐵路行業統計工作。為此，國家鐵路局還專門組建了8個地區性的鐵路監督管理局和鐵路督察室，分駐沈陽、上海、廣州、成都、武漢、西安、蘭州和北京，實行垂直管理。

通過上述介紹可以發現，國家鐵路局的工作職責是起草關乎鐵路行業的法律法規、發展規劃、鐵路技術標準，以及對鐵路安全生產、運輸秩序和鐵路運營主體的日常工作服務進行監管，并不涵蓋鐵路公安這塊工作的職責。其監管對象也只是各個鐵路經營部門和市場從業者，并不包括鐵路公安這個單位

鐵路公安局（全稱是“公安部鐵路公安局”）是公安部明確公示的內設職能局之一，規格級別為正司局級，負責領導全國鐵路系統范圍內的公安業務工作。其前身是原鐵道部公安局，2013年3月伴隨著鐵道部的撤銷，鐵道部公安局也隨之更名為鐵路公安局。目前，鐵路公安局直接由公安部領導管理，公安部鐵路公安局在全國范圍內設立了18個副廳級的鐵路公安局以及72個鐵路公安處（規格均為正處級）還有大量的鐵路派出所，實行垂直管理，共同維護鐵路出行公共區域的安全穩定和秩序暢通。

綜上所述，國家鐵路局和鐵路公安局彼此不是上下級，也沒有任何隸屬關系，二者的工作職責范圍也沒有交集！