一篇論文，關于一個家庭內部 HIV 的傳播溯源。
2023年10月，福建省某醫院，一個 16 個月大的幼兒因支氣管肺炎就診，結果發現感染HIV-1。病毒載量（可以理解為病毒在血液中的濃度）相當高，達到了每毫升血液24.1 萬拷貝。
隨后其父親（34 歲）母親（33 歲）也被確診為HIV-1陽性。一家三人為福建省籍，現住址為北京市。
通常來說，嬰幼兒感染HIV最主要的途徑是“母嬰傳播”，也就是在懷孕、分娩或哺乳期間，從母親那里感染。

調閱了母親懷孕期間和孩子出生時的醫療記錄后發現，2022年6月，也就是孩子出生的時候，醫院不僅為母親做了檢測，還保留了孩子的臍帶血，做了HIV抗原抗體和核酸雙重檢測，結果都是陰性。
這意味著，孩子出生那一刻，孩子和母親都是健康的，沒有感染HIV。
????????????
接下來，這家里每個人感染的 HIV 序列，被送去進行“系統進化分析”，也就是追溯病毒的家譜。
HIV病毒是有點像一臺容易出錯的復印機。在復制過程里，很容易出點突變，這些突變會代代相傳。所以，同一個感染者體內的所有病毒，都源自最初進入體內的那幾個祖先病毒，它們之間就像一個龐大的家族，雖然有細微差別，但總體上非常相似。
而如果A把病毒傳給了B，那么B體內的病毒，就是從A體內的病毒復制而來的。B體內的病毒群，就像是A體內病毒群的后代。它們之間會更像一些。
反之，如果兩個人的病毒來源完全不同，那么他們體內的病毒就會差異巨大，就像兩個毫無血緣關系的路人。
“系統進化分析”做的，就是把這個家庭三人血液樣本中的HIV病毒基因序列全部讀出來，然后比較它們之間的相似度。通過復雜的計算機算法，可以畫出一棵進化樹，也就是病毒的“家譜”。
在這棵樹上：
?? 親緣關系近的病毒（比如來自同一個人，或者有直接傳播關系的人），會被聚在同一個小樹枝上。
?? 親緣關系遠的病毒，則會分布在不同的、相距遙遠的大樹杈上。
?? 這棵樹還能顯示出“輩分”。位于樹根位置的病毒，就是這個傳播鏈條里的“祖先”。
通過這張“病毒家譜”，誰是源頭，誰被誰感染，往往一目了然。
????????????
不僅可以查出誰傳誰，甚至可以大致定出傳染時間。
病毒的突變雖然是隨機的，但從宏觀上看，它發生的速度（突變率）大致是恒定的。就像一個時鐘，雖然秒針有時會稍微快一點或慢一點，但長期來看，它走時的節奏是穩定的。
這個就是“分子鐘”。
舉個例子，從父親和母親體內各取了一個病毒樣本。通過比較基因序列，發現它們之間有100個堿基的差異。如果這種病毒平均每1年產生20個堿基的差異，那么就可以推斷出，這兩個病毒大約在5年前（100 ÷ 20 = 5）是同一個，也就是它們擁有一個 5 年前的“共同祖先”。這個“共同祖先”存在的時間點，在科學上叫做“最近共同祖先時間”（tMRCA）。
這個時間點，就約等于病毒從一個人傳播到另一個人的時間。
????????????
結果發現，這家人體內的 HIV毒株基因亞型為CRF01_AE_C4，來源于北京MSM（男男性行為人群）。
在病毒的進化樹上，父親的病毒序列，位于這個家庭小簇的最根部，就像是這棵小樹的樹根。而母親和孩子的病毒序列，則共同形成了一個新的、更年輕的“分叉”，從父親的“樹根”上生長出來。
在這個家庭內部，父親是病毒的源頭，也就是家庭內的“零號病人”。
在母子分叉上，母親的毒株序列位于根部，提示可能病毒由母親傳染給幼兒。
父親的tMRCA為2023.29，推斷感染時間為2023年3月。
母親與幼兒的tMRCA 都是 2023.68，感染時間推斷為2023年8月。
母親和幼兒感染時間點十分接近，母親可能迅速進入急性感染期，體內的病毒通過母乳傳給了幼兒。
2023年10月，幼兒被發現時，正處于急性感染期，因此體內病毒量極高。
一個完整的傳播鏈條如下：
北京MSM社群 → 父親（2023年3月，經男男性行為）→ 母親（2023年8月，經異性性行為）→ 嬰兒（2023年8月，經母乳喂養）
2023 年 11 月 15 日，一家三口開始用藥，進行聯合抗逆轉錄病毒治療。
肖明鳳,李建維,葉江竹,等.一起家庭內HIV-1傳播感染事件的溯源調查[J].中國艾滋病性病,2025,31(04):384-389.DOI:10.13419/j.cnki.aids.2025.04.07.