在結算審計中遇到工程量清單缺陷時，處理方式需結合合同類型、清單編制責任及缺陷性質綜合判斷，具體可參考以下原則：

一、清單缺陷的認定與責任歸屬

1.發包人責任原則根據《建設工程工程量清單計價規范》及《施工合同示范文本》，工程量清單的準確性和完整性由發包人負責。若因清單缺項、漏項導致結算爭議，發包人應修正清單并調整合同價格。即使合同中約定“投標人未核對清單視為接受”，該條款因免除發包人法定義務而無效。

2.合理范圍與過錯分擔若清單漏項比例超出合理范圍（如案例中漏項達56.55%），法院可能認定雙方均有過錯，按過錯比例分擔責任。例如，發包人未審慎編制清單，承包人未盡審核義務，雙方需共同承擔超出合理范圍的造價差額。

二、不同合同類型的處理方式

1.單價合同據實結算：按實際施工工程量調整清單項目，依據《清單計價規范》第8.2.2條，承包人按圖施工的工程量應全額結算。補充清單：若清單漏項屬于圖紙范圍，結算時需補充新增項目并計價。

2.總價合同施工圖總價合同：若合同明確以施工圖為總價范圍，清單漏項通常不調整合同價（因承包人報價時已包含圖紙全部內容）。工程量清單總價合同：若總價基于清單，漏項需按合同約定調整，通常按實際施工量補充清單并計價。

三、操作流程與證據留存

1.缺陷識別與記錄核對竣工圖、施工記錄及變更簽證，明確缺陷內容及影響范圍。保存圖紙、合同、招標文件等原始資料作為依據。

2.溝通與變更程序發包人確認缺陷后，按合同約定提交變更申請，明確修正內容、費用及工期調整。若涉及重大變更，需簽訂補充協議并履行審批程序。

3.審計應對策略重點核查工程量計算規則、定額套用及材料價格，避免虛報多算。對爭議項采用實地勘查、拍照取證等方式還原施工實際情況。

四、風險防范建議

1.編制階段：發包人應委托專業團隊編制清單，實行三級審核制度；承包人需仔細核對圖紙與清單一致性。

2.合同條款：明確清單錯誤的責任歸屬，合理分配風險，避免絕對化表述（如“投標人自行承擔清單錯誤”）。

3.動態管理：施工中定期核對工程量，及時處理變更簽證，減少后期爭議。綜上，處理清單缺陷需兼顧法律依據、合同約定及工程實際情況，通過規范流程和充分舉證維護各方權益。