無論是傳統的多細胞轉錄組測序還是單細胞轉錄組測序， 差異分析 可獲得一組樣本相對于另一組樣本表達顯著上調和下調的基因，從而研究這些差異基因的功能，包括富集通路或生物學過程。

熟悉的小伙伴都知道，課題立項的邏輯前提是 表達有差異，差異影響表型 ！我們常常說， 用差異分析的辦法篩選興趣基因做研究 ，是常用的生信套路之一，也是最容易生信入門的角度之一。即使是在頂刊，自測數據+公共數據的差異分析也很常見。

科研進入到 單細胞時代，差異分析的維度就不能局限于腫瘤與癌旁了，而應該擴展到腫瘤與癌旁中的細胞類群之間 。由于技術本身的局限和數據維度不同，以前針對傳統多細胞轉錄組測序數據開發的差異分析算法不一定適用于單細胞數據。但是，無論使用何種算法， 原本的差異表達都被賦予了新的定義 ！

2019年，J Clin Invest雜志發表了題為Blocking expression of inhibitory receptor NKG2A overcomes tumor resistance to NK cells的研究論文。該研究通過TCGA二代測序數據分析了HLA-E在腫瘤的表達，并探究了HLA-E與其受體NKG2A (KLRC1)在腫瘤表達的相關性，闡明腫瘤細胞通過HLE-A:NKG2A逃逸抗腫瘤免疫的分子機制。

2023年，Cancer Cell發表題為Immune checkpoint HLA-E:CD94-NKG2A mediates evasion of circulating tumor cells from NK cell surveillance的研究論文。該研究則利用單細胞測序的數據，通過細胞聚類分析，確定了循環腫瘤細胞 (CTC)表面de HLA-E與NK細胞上的CD94-NKG2A相互作用，從而逃避NK細胞的免疫監視。

具體機制是 ，RGS18抑制CTC中AKT的磷酸化激活，從而抑制GSK3b Ser9位的磷酸化，維持GSK3b蛋白的穩定。GSK3b通過CREB1 Ser133位的磷酸化促進CREB1的核轉移。CREB1結合細胞核內HLA-E基因啟動子區SXY位點，上調CTC表面HLA-E的表達和定位。循環腫瘤細胞表面的HLA-E與NK細胞上的CD94-NKG2A相互作用，激活NK細胞的凋亡信號通路，從而使CTC細胞逃避NK細胞的免疫監視，為腫瘤轉移提供條件。

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