軍區領導機關和直屬隊

華東軍區領導機關設司令部、政治部、后勤部等。另外軍區直屬部、處有財務部（1954年3月由后勤部財務部改隸）等。

1955年，南京軍區領導機關設司令部、政治部、后方勤務部等。后經多次整編，設司令部、政治部、后勤部。此后機關三大部體制沿襲至1997年。

1998年，各大軍區成立裝備部。1998年11月，各大軍區后勤部改為聯勤部，對轄區內的陸海空軍和二炮部隊實行聯勤保障。

所轄部隊

華東軍區下轄：

魯中軍區

魯南軍區

渤海軍區

膠東軍區

蘇中軍區

蘇北軍區

濱海軍分區

魯中南軍區：1948年7月由魯中軍區、魯南軍區、濱海軍分區、冀魯豫軍區第一軍分區編成。

昌濰保安司令部：1948年6月組建，隸屬華東軍區建制。8月改稱昌濰特區警備司令部。1949年3月改歸山東軍區建制。

濟南特別市警備司令部：1948年9月組建，隸屬華東軍區建制。1949年3月改歸山東軍區建制。

徐州警備司令部：1948年底攻克徐州后，由濟南警備司令部、魯中南軍區抽調干部組建，隸屬華東軍區建制。1949年3月改歸山東軍區建制。

東江縱隊：1946年7月抵達山東，1947年8月改稱兩廣縱隊。

華東軍區炮兵司令部：1950年12月15日，以原特種兵縱隊機關為基礎，組成華東軍區炮兵司令部，駐南京。

華東軍區工程兵部：1950年12月，以華東軍區特種兵縱隊工兵第三團一部（在南京的部分）及特種學校第四大隊為基礎，組成華東軍區工兵指揮部。轄工兵第三、第十團，重型機械營，工兵學校等，歸炮兵司令部建制。12月底，改歸華東軍區建制，并由工兵學校校部兼工兵指揮部。1952年11月，工兵學校校部免兼工兵指揮部，由工兵學校另行抽調人員在南京組建華東軍區工兵處。1954年6月，華東軍區工兵處和上海國防建筑工程指揮部在上海合并為華東軍區工程兵部。

華東軍區裝甲兵司令部：1950年11月，以華東軍區特種兵司令部戰防炮兵師（原是陸軍第三十軍第九十師師部，擬建戰防炮兵師但未果）及第二師部分干部為基礎，組成華東軍區摩托裝甲兵司令部，歸華東軍區建制，駐徐州。轄坦克第二師、特種師和教導團。1951年7月，改稱華東軍區裝甲兵司令部，轄戰車第二、第二十六師，4個獨立坦克團，第二戰車編練基地，坦克第二中心修理工廠。1954年10月，改編為華東軍區裝甲兵部，仍駐徐州。1955年5月，分建為南京軍區裝甲兵部、濟南軍區裝甲兵部。

華東軍區防空司令部：1949年5月，抽調部分人員，并接收國民黨首都防空司令部部分士官，組成南京防空司令部，后改稱南京警備司令部防空處。12月16日，華東軍區命令以南京警備司令部防空處為基礎，改編為華東軍區防空處，暫歸特種兵司令部建制。1950年3月28日，華東軍區命令撤銷的山東墾利、清河軍分區機構及華東榮軍總校校部調到南京充實防空處，改為華東軍區防空司令部。1951年2月10日，華東軍區防空司令部（留下部分人員組成南京防空指揮所）和上海防空司令部合并為華東軍區防空司令部兼上海防空司令部。

華中指揮部：1947年11月，在成立華中工委的同時，華東軍區成立華中指揮部。司令員管文蔚，政治委員陳丕顯（兼任）。華中指揮部成立后，撤銷蘇北、蘇中軍區番號，由華中指揮部統一領導華東野戰軍第十一、第十二縱隊和淮南、淮北支隊，及第一、二、五、六、九軍分區。1948年3月，撤銷華中指揮部，5月原指揮部機關組成蘇北兵團及蘇北軍區機關。

1955年華東軍區改為南京軍區后下轄：

江蘇省軍區：初為江蘇軍區。1960年改稱江蘇省軍區。

浙江省軍區：初為浙江軍區。1960年改稱浙江省軍區。

福建省軍區：1957年3月15日，解放軍總參謀部批準將福州軍區公安軍領導機關改編為福建軍區，歸福州軍區建制。5月1日正式成立福建軍區。1960年改稱福建省軍區。1985年6月福州軍區撤銷，轉隸南京軍區。

安徽省軍區：初為安徽軍區。1960年改稱安徽省軍區。

江西省軍區：初為江西軍區。1956年7月福州軍區成立，轉隸福州軍區。1960年改稱江西省軍區。1985年6月福州軍區撤銷，轉隸南京軍區。

上海警備區：1955年10月組建上海警備區。

南京軍區炮兵：1955年4月華東軍區炮兵司令部改稱南京軍區炮兵司令部，駐南京。后擴編為南京軍區炮兵，直屬南京軍區。1983年1月縮編為南京軍區司令部炮兵部。

南京軍區工程兵：1955年4月華東軍區工程兵部改稱南京軍區工程兵部，由上海移駐南京。10月改稱南京軍區工程兵司令部。后擴編為南京軍區工程兵，直屬南京軍區。1983年1月縮編為南京軍區司令部工程兵部。

南京軍區裝甲兵：1955年5月，自華東軍區裝甲兵機關抽30多名干部組建南京軍區裝甲兵機關。11月7日，在南京成立南京軍區裝甲兵司令部。其駐江蘇的單位有獨立坦克第一、第二、第三團等部。后擴編為南京軍區裝甲兵，直屬南京軍區。1983年1月縮編為南京軍區司令部裝甲兵部。

南京軍區防空軍司令部：1955年4月華東軍區防空司令部改編為南京軍區防空司令部，7月改稱南京軍區防空軍司令部。1957年9月5日，南京軍區防空軍司令部及所轄部隊并入南京軍區空軍建制，撤銷南京軍區防空軍司令部番號。

南京軍區公安軍司令部：1955年7月，以原南京軍區公安部隊領導機關為基礎，抽調江蘇、浙江、安徽、上海各省（市）公安部隊及公安軍第十三、第十七師邊防辦公室部分干部，分別組成南京軍區公安軍司令部及上海警備區機關。同時撤銷各公安師、團番號，整編為邊防、內衛部隊，歸省級軍區領導。11月，南京軍區公安軍司令部兼南京警備區司令部，駐南京。1957年9月底，南京軍區公安軍司令部兼南京警備區司令部撤銷，各省（市）公安部隊同時整編，于1958年12月移交各省（市）公安部門，邊防部隊大部改編成守備部隊。

陸軍第一集團軍：第一軍1958年自朝鮮回國，駐防河南開封，屬武漢軍區。1960年改稱陸軍第一軍。1962年到福建省執行緊急戰備任務。1975年與屬南京軍區的第二十軍換防，駐防浙江，轉隸南京軍區。1985年與陸軍第六十軍合并，改為陸軍第一集團軍。

陸軍第十二集團軍：第十二軍1954年4月自朝鮮回國，駐防浙江金華。1960年改稱陸軍第十二軍。1961年移防蘇北淮陰地區。1978年接替第六十八軍，移防江蘇徐州。1985年改為陸軍第十二集團軍。

陸軍第三十一集團軍：第三十一軍原隸福州軍區，長期駐防福建廈門。1960年改稱陸軍第三十一軍。1985年與陸軍第二十九軍合并，改為陸軍第三十一集團軍，轉隸南京軍區。

陸軍第六十軍：第六十軍1953年7月自朝鮮回國，調歸華東軍區建制。1955年4月華東軍區撤銷，改隸南京軍區。1956年2月軍部自安徽省宿縣移駐南京浦鎮營房。1960年改稱陸軍第六十軍。1985年撤銷番號。

接受軍兵種機關和南京軍區雙重領導的有：

海軍東海艦隊：受海軍和南京軍區雙重領導。

南京軍區空軍：受空軍和南京軍區雙重領導。