奴兒干都司的建立是明朝對東北女真各族招撫的成功表現。1403年明成祖派遣明張斌到奴兒干（特林）招撫，黑龍江下游的女真各部紛紛臣服于明朝，接受了明朝的官職冊封。

自古以來，奴兒干就是黑龍江流域的要沖，《金史》記載渤海最早在此建立了奴兒干城，后來遼國和金國都將此地作為統治黑龍江下游的一個據點。元朝為了征服庫頁島的吉列迷人，在此設置了征東元帥府。1409年，明朝鑒于奴兒干“其地沖要，宜立元帥府”，于是設置了奴兒干都司，以東寧衛指揮康旺為都指揮同知，千戶王肇舟等為都指揮僉事。奴兒干都司的建立，代表明朝的軍事勢力開始延伸到了黑龍江下游地區。

奴兒干都司的管轄范圍在黑龍江下游地區，涉及乞里迷、伏里其、兀剌、曩加兒、古魯、失都哈、兀失奚等部落，明朝在此冊封了十一個羈縻衛，宣德年間增加到了十八衛。譚其驤等學者認為奴兒干都司管轄所有女真部落以及蒙古兀良哈等部落，這明顯是一種錯誤的觀點。

奴兒干都司管轄范圍內的族群主要有女真人、吉列迷人等，這里的女真人被明朝文獻稱之為“野人”。而吉列迷人就是庫頁島和黑龍江河口一帶的居民。 這一帶的居民在古代被稱為“狗國”，盛行狗拉雪橇。《永寧寺記》載“東北奴兒干國……畜養惟狗”。清朝將這些部落統稱為“使犬部”。清朝末年，邊疆地理學者曹廷杰對挽用犬習俗的分布范圍進行了考證“自音達木河，順松花江兩岸，東盡海中庫頁島各部，俱用狗車，即狗拉爬犁，所謂使犬部也。” 音達木河是黑龍江佳木斯的一條小河，可見該部落的分布單位是從佳木斯到黑龍江入海口乃至于庫頁島一帶，也同樣和《明太宗實錄》記載的吻合。

明朝在奴兒干都司的管轄屬于一種羈縻狀態。奴兒干都司的都指揮同知、都指揮僉事等是女真人，他們的常駐地點是內地或者遼東。如亦失哈為海西女真人，在明朝初期被俘虜到明朝宮廷，成為了宦官。明朝在奴兒干常駐兵力只有200人，屬于象征性質的駐兵。為了威震懾女真各部，明朝會在夏季派遣規模較大的水師沿著松花江、黑龍江順流而下進行巡視。

1411年。亦失哈帶領25只船、人數1000的軍隊到達奴兒干，護送康旺赴任。此后，亦失哈每隔一年或者兩年就要帶領明朝軍隊巡視黑龍江。在奴兒干都司設置了20年間，明朝一共9次巡游黑龍江。為建造船只，明朝在松花江上修建了船廠，由遼東都司等重要的官員在此督造船只。

阿什哈達摩崖（明代松花江造船遺址見證）

1413年，亦失哈在第三次巡視奴兒干，在附近的山上修建了一座寺廟，名為永寧寺。寧寺建好后，亦失哈又豎立了一塊石碑，上刻《永寧寺記》碑文，有漢文、蒙古文、女真文、藏文四種文字，主要記載奴兒干都司建立的過程及亦失哈本人前兩次巡視的過程。

這種巡游活動和鄭和下西洋的性質十分相似，在巡游的過程中，除了炫耀國力之外，還會接受“貢品”，并對“進貢”的部落進行大規模的賞賜。但這種活動是需要雄厚的財力來維持的，各部落要么是暫時屈服于明朝巡游的兵力，要么是貪求明朝使團帶來的財物，因而基本都會選擇“臣服”。但巡游的軍隊一走，叛亂就很有可能發生。

松花江

明成祖時期，由于好大喜功，窮兵黷武，并開展“萬國來朝”的朝貢貿易，派遣鄭和下西洋，導致國家國庫迅速虧空。到了仁宣年間，國家財政危機嚴重，就不得不全面收縮，朝貢貿易大幅度減少，鄭和下西洋停止，邊疆的各種羈縻機構能撤就撤，以減少開支。因此，在仁宣年間，奴兒干都司的維系也就越發艱難。

女真人的騷動、反抗也讓明朝維持奴兒干都司巡視的困難加大。朝貢貿易總體而言是有利于女真部落積累財富、發展壯大的，但是部分朝貢貿易卻又對女真不利，例如其中的海東青朝貢貿易。明朝非常喜歡女真進貢的“海東青”，海東青被譽為“鷹中極品”，是東北、蒙古獵人最為喜愛的獵鷹，自遼代開始就是貢品。女真進貢海東青被視為臣服的象征。海東青十分稀有，捕捉也非常困難艱苦，在進貢道路上，往往還會死去一半。

所以遼、元、清三代對海東青進貢是有限制的，以免海東青過分損失。即使有節制，黑龍江下游的居民都會反感，因為東海女真以漁獵為生，失去大量的海東青，會導致居民捕獵困難，最終是生計困難。1346年，女真就因為“捕海東青煩擾”發動了叛亂。當然，女真部落的貴族喜歡進貢以換取大量的財富，但這些財富基本和平民百姓無關。

海東青

明朝主要官員可能對海東青的生存環境不太了解，因而也沒有限制其朝貢數量。1426年，遼東東指揮金聲說“我與內官二人入狗兒國，捕捉海青五十七”，“海青大半死于路上，但進二十八”；1433年，巡游奴兒干的船隊帶回“海青三百余”只，那這次捕獲的海東青應該在600只左右。如此大規模地征海東青，必然會引起東海女真平民的不滿。

奴兒干都司的一項重要職能就是收納海東青等貢品，《明實錄》記載為“統屬其眾，歲貢海青等物，仍設狗站遞送。”因此，奴兒干都司就容易成為女真人攻擊的目標。洪熙年間，就已經出現了部分女真部落叛亂的事件，導致奴兒干都司無法運轉。《武公墓志銘》記載“洪熙乙巳，奴兒干梗化”。永寧寺也是在此期間被吉列迷人所毀。

宣德元年，明朝派遣亦失哈帶領1500名官兵再次巡視奴兒干。第二年，明廷又派遣3000官兵到達奴兒干，人數到達了歷次巡視奴兒干之首。宣德四年，明廷正式宣布開始重建奴兒干都司，松花江上的造船工作也開始啟動。然而，由于財政不足，造船工作一波三折。 《明宣宗實錄》宣德四年所載“造船不易，使遠方無益，徒以此煩擾軍民”。宣德五年，韃靼首領阿魯臺又侵犯遼東，造船一事被迫中斷。

此后，明朝又在宣德六年、宣德七年兩次宣布重建奴兒干都司，可見其事情艱難。宣德七年五月，遼東都司指揮使劉清帶領明軍在在松花江督造船只，同時還捕捉海東青，私自和當地部落進行貿易，結果凌勢欺人，激發了女真的叛亂。不久，女真人糾集各部進攻明軍，明軍死亡八九百人，督運的糧草也被劫掠。劉清為掩蓋罪行，對朝廷謊報士兵失蹤，直到幾年后才事情暴露。

此后，松花江航道已經變成了一條極其不安全的航道，明朝軍隊的任何一次航行都將變成了充滿風險的賭博，極有可能有去無回。從松嫩交匯處到奴兒干有3000公里的航程，周邊部落反復無常，士兵安全無保障。

為了實現重建奴兒干都司，明朝在宣德七年史無前例地派出了2000人的軍隊巡視奴兒干。亦失哈等官員在奴兒干重建了永寧寺，并對周邊部族再次進行了招撫，包括毀掉永寧寺的吉里迷人也在招撫的范圍。這時候的明朝根本沒有在黑龍江下游用兵的國力，只有通過招撫來穩定一下局面。第二年，亦失哈的船隊就返回了遼東。這是亦失哈的第十次巡游，也是最后一次。

1435年，明宣宗去世之前下令：“凡采捕、造船、運糧等事悉皆停止。凡帶去物件悉于遼東官庫內寄收。其差去內外官員人等俱令回京，官軍人等各回衛所著役。”此事宣告明朝正式放棄了奴兒干都司。

隨后，奴兒干都司的官員基本安置在了遼東，都司都指揮同知康福擔任鐵嶺守備。王肇舟回到遼東后高老退休，其子王貴擔任奴兒干都指揮僉事，地點依然是遼東。不僅如此，其官員的俸祿也大幅度降低，比如王貴雖然是奴兒干都指揮僉事，但只領取副千戶的俸祿。這說明，奴兒干都司名義上為內遷，實則撤銷。