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免疫熒光圖片的批量處理技能,Get√

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本文轉(zhuǎn)載自微信公眾號(hào):江農(nóng)研之聲,作者江小儂

免疫熒光技術(shù)又稱熒光抗體技術(shù),該技術(shù)主要通過抗原-抗體反應(yīng)以檢測(cè)或定位各種抗原,可實(shí)現(xiàn)特異標(biāo)志物的可視化。目前,隨著各類期刊要求的不斷提高,在免疫熒光實(shí)驗(yàn)中,許多期刊都要求提供免疫熒光圖片的熒光強(qiáng)度定量圖。但在小伙伴們的日常數(shù)據(jù)處理中,常常只能一張一張地處理圖片,這對(duì)數(shù)據(jù)的處理效率大打折扣,接下面將詳細(xì)介紹免疫熒光圖片的批量處理方法,需要的小伙伴們快打開電腦一起學(xué)起來吧!

所需軟件:ImageJ

軟件下載網(wǎng)址:https://imagej.net/software/imagej

前期準(zhǔn)備:將所有需要分析的免疫熒光圖片放到一個(gè)文件夾中,文件夾命名input;再另建一個(gè)空的文件夾,命名output。具體步驟如下:

打開ImageJ軟件——點(diǎn)擊File→Open——導(dǎo)入一張免疫熒光圖片

Step.2

點(diǎn)擊軟件工具欄中的Plugins→Macros→Record

此時(shí)會(huì)彈出Recorder頁面,此頁面是用于記錄后續(xù)圖片處理整個(gè)流程的代碼區(qū),記得處理過程中不要關(guān)閉該頁面,這是后續(xù)實(shí)現(xiàn)批量處理的關(guān)鍵!!!

Step.3

點(diǎn)擊Image→Type→8-bit(圖片變成黑白色)→點(diǎn)擊Image→Adjust→Threshold

此時(shí)彈出Threshold頁面,且可以發(fā)現(xiàn)圖片中熒光部分被特異識(shí)別了出來,在該頁面中,可以手動(dòng)調(diào)節(jié)閾值以改變其識(shí)別熒光區(qū)域;但為減小因人為調(diào)整閾值而引起的誤差,通常會(huì)點(diǎn)擊左下角的Auto,讓軟件自動(dòng)識(shí)別熒光區(qū)域。

Step.4

點(diǎn)擊Analyze→Set Measurements

此時(shí)彈出Set Measurements頁面,大家可自行選擇需要測(cè)定的項(xiàng)目。通常,作者會(huì)選擇Area、Mean gray value、Integrated density、Display label和Limit to threshold,然后點(diǎn)擊ok即可。

Step.5

點(diǎn)擊Analyze→Measure

此時(shí)彈出Results頁面,可以發(fā)現(xiàn),剛才在Set Measurements頁面所選中的測(cè)定項(xiàng)目都已得出相應(yīng)的結(jié)果。此時(shí),一張免疫圖片的分析工作就到此結(jié)束。

Step.6

復(fù)制recorder頁面代碼→點(diǎn)擊Process→Batch→Macro

此時(shí)會(huì)彈出Batch Process頁面,點(diǎn)擊input,選中input文件夾,點(diǎn)擊output,選中output文件夾;output format中可自行選擇輸出的文件格式,然后將Recorder頁面中的代碼復(fù)制到Batch Process頁面下方的空白區(qū)域中,點(diǎn)擊process即可。然后,會(huì)彈出Results頁面,input文件夾中所有熒光圖片均已得到相應(yīng)結(jié)果。

Step.7

點(diǎn)擊Results頁面右上角File→Save as

可對(duì)測(cè)定結(jié)果進(jìn)行保存,其中Mean即為所需的平均熒光強(qiáng)度。

轉(zhuǎn)自:江農(nóng)研之聲,僅作學(xué)術(shù)分享使用;侵刪


2023年4月1日 | 第2035期

稿件來源 | 食品院研究生分會(huì)

作 者 | 張文凱

編 輯 | 翟鈺艷 蔣詩音 張嘯宇

責(zé)任編輯 | 丁晶

審 核 | 譚會(huì)樂 席步鑫

終 審 | 黃小珊

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