322年，王敦不滿晉元帝司馬睿削弱自己權力，在武昌以“清君側”之名起2萬精兵造反。司馬睿得知，勃然大怒，想要將王敦在南京的親屬全部誅殺！
建武元年，司馬睿稱晉王，建立東晉，并于次年正式稱帝，史稱晉元帝。
從這時起，瑯琊王氏便不可一世，史有“王與馬，共天下”一說。
雖是司馬睿的江山，卻與瑯琊王氏有著不可分割的牽連。這對于皇帝來說是不能容忍的，臥榻之側豈容他人酣睡，于是，司馬睿便越發忌憚王氏家族，屢次三番想要削弱他的權力，將王氏趕出權力中心。

狡兔死走狗烹是每個帝王都掌握的技能，可王敦偏偏不是坐以待斃的人。
從幾個事情上就能看出他的人物性格。潘滔曾經說王墩蜂目豺聲，是個兇狠之相，他日要么他殺別人，要么被別人所殺，總之不是良人。
王敦娶了晉武帝的女兒做妻子，榮升駙馬高位，打開了自己的仕途大門。公主隨嫁甚多，光是貌美的婢女便有百人，而王敦后來為了籠絡士兵，將這百余名婢女全部遣散給那些士兵做妻妾。
公主作為金枝玉葉，生活自然奢華精致。一日，王敦上廁所的時候發現旁邊漆器里放著一些干棗，他以為是吃的，就在廁所給吃光了。等他出來之后才知道那干棗是用來堵鼻孔，防臭的，他卻沒有絲毫尷尬，淡定自若。
他去石崇的府邸赴宴，石崇作風也是很奢華，而且他還有個怪癖，每個賓客旁邊都給分了三四個美女敬酒，要是賓客不把酒喝光，石崇就將這些侍女殺掉。
王敦就沒給這個面子，沒喝酒，然后眼睜睜看著服侍自己的三個美女都被當場殺死，血濺酒會他卻不為所動，可見為人夠狠。因丑后賈南風引發的八王之亂，王敦立身亂局之中，給自己爭了一分席面，深受司馬睿器重，也漸漸滋長了他的野心。
他的堂弟王棱特別喜歡王如，想要重用他，王敦認為王如這個人不可交，不是什么好人，而且王棱的性子又急躁，恐怕二人相處不會融洽。
王棱沒有聽進去勸告，一意孤行，王敦心有不滿，卻按捺不表。

王如屢次三番在比武切磋時傷了王敦手下，那時，王敦野心膨脹，行為越發猖狂，王棱便屢屢出來勸阻，讓他行事低調，說一些規勸的話。王敦因他和自己屢屢理念不一致，起了殺心。他故意散播謠言，離間王棱和王如。
然后在一次宴席上，王如要起身舞劍助興，因為離王棱太近讓其不高興，王棱當場怒斥，激怒了王如，王如揮劍將其殺了。不久后，王敦接到通知，佯裝震驚的樣子，然后將王如逮捕斬首。
一石二鳥，玩得爐火純青。
這樣一個人，若是能斬草除根也就罷了，若斬草不除根，后患無窮。
司馬睿就犯了這個忌諱。司馬睿建立東晉后，王導內掌朝政，王敦外握兵權，王氏子弟皆位居要職，屢受器重。
王導這個人還好，在崗位上盡忠職守，不敢出錯，但王敦仗著自己的功勛和家族勢力，驕傲放肆，甚至不把司馬睿放在眼里。司馬睿就想通過削權的方式，壓制王氏家族。
司馬睿重用了刁協和劉隗。王導看出來形勢不對，能屈能伸，沒有表現出不滿，但王敦卻很憤怒，開始對抗司馬睿。他幾次上書請求將重要崗位換成自己推薦的人，司馬睿都沒同意。
沒多久，王敦打著清君側的名義舉兵入侵，司馬睿抵抗不過，便派人前去求和。先是大赦天下，宣布王敦無罪，而后開始給權力，給地位，至此，朝政大權盡歸王敦，司馬睿被徹底架空。
在這個爭斗的過程中還有一段故事，那就是司馬睿準備將王敦在京的親戚全部殺了，以此震懾王敦。有人就勸司馬睿，說王導這個人還是不錯的，對您忠心耿耿，千萬不要錯殺良臣。
王導聽說這件事也戰戰兢兢的去上朝，遇到了好友周顗。他鄭重的托付好友：我王家百十余口性命全托付與你了。不料，周顗沒搭理他。
但是，他面見皇帝后，擺事實講道理，言辭懇切的替王導開脫，說了很多關鍵的話，動搖了司馬睿的殺心。

司馬睿松口后，君臣對飲，周顗愛喝酒，喝完酒就胡說八道。他從屋里出來后，醉醺醺的說著：殺了這些奸佞的大臣，我還能換個金印。

王導以為好友沒幫自己說話，而心生怨恨。

后來，周顗回到家又給司馬睿寫了不少奏折，里面全是替王導說的好話，可私下里，周顗和王導見面卻還是一副冷酷無情的樣子，絲毫不提自己做的事。好友生嫌隙。
王敦得勢后，想要處置周顗，就曾問過王導的意見。他沒有說話，選擇旁觀，任由事態發展。周顗被處死后，一日，王導在翻閱司馬睿的奏折時，看到了周顗曾為他做的事，懊悔不已。
他說：“我雖不殺伯仁，伯仁卻因我而死?！币馑季褪遣皇撬H手殺的周顗，但是卻因為他的袖手旁觀而導致周顗慘死，在幽冥之中，我愧對這樣的良友。
但換個角度想，做好事不留名可以，但也不能做了好事還結仇，人可以施恩不圖報，但不能施恩不讓人知道，否則碰上王導這樣的人，豈不是費力不討好。