近年來,環狀寡核苷酸憑借其獨特的閉環結構和卓越的生物穩定性,逐漸成為生物醫學領域的研究熱點。這類分子主要包括環狀RNA(circRNA)和環狀單鏈 DNA(CssDNA),在疾病診斷和治療中展現出廣闊的應用前景,正推動精準醫療邁向新高度。
環狀寡核苷酸為何備受矚目?
環狀寡核苷酸(Circular Oligonucleotide,cOligo)是一種閉合環狀結構的短鏈核苷酸分子。與線性寡核苷酸不同,環狀寡核苷酸沒有自由的 5' 或 3' 端,而是通過化學連接或酶促催化形成共價閉合結構。這種環狀結構賦予其更高的穩定性,對核酸外切酶的降解具有更強的抗性(Kool, 1996)。此外,其閉合結構賦予更高的構象靈活性,使其在分子識別和功能設計中更具優勢(Chaturvedi & Vukovi?, 2019)。例如,環狀 RNA 在細胞內可穩定存在長達24小時,遠超線性RNA的4-7小時(Enuka et al., 2016)。
環狀RNA(circRNA):精準醫療的“多面手”
環狀RNA(circRNA)作為 RNA 家族的明星成員,是一類具有共價閉合環狀結構的 RNA 分子,具有高穩定性、抗核酸酶降解的特性,在基因調控、疾病診斷和治療中展現出重要潛力。
(Source: Cai J, et al. 2024)
1、疫苗開發:利用circRNA 編碼抗原蛋白,并通過脂質納米顆粒封裝后注射到體內。circRNA 進入細胞后翻譯出相應的抗原蛋白,最終由抗原遞呈細胞(APC)呈遞,引發免疫應答。
2、基因表達調控:合成具有特定功能的 circRNA,例如 miRNA 海綿、蛋白海綿、基因沉默等。通過納米顆粒遞送到靶細胞后,這些 circRNA 可在細胞內執行相應的基因調控功能。
3、細胞治療:利用circRNA 編碼 CAR(嵌合抗原受體)或 TCR(T 細胞受體)結構蛋白,并封裝于靶向納米顆粒中。通過靜脈注射,可直接在體內原位生成 CAR-T 或 TCR-T 細胞,無需復雜的體外病毒改造過程,能夠顯著提高開發效率、降低開發成本。
4、其他應用:circRNA 具備蛋白翻譯潛力,可用于表達特定蛋白,例如腫瘤免疫調控細胞因子、高強度結構蛋白(例如蛛絲蛋白),以及 PROTAC 復合物(用于降解特定蛋白)等。
此外,circRNA 可通過 RNA 編輯(ADAR 介導)和 RNA 干擾(RISC 復合體),實現更復雜的基因功能調控,為藥物研發開辟了全新路徑。
環狀單鏈DNA(CssDNA):基因治療的未來之鑰
作為一種長盛不衰的核酸形式,CssDNA 為基因治療和生物醫學研究帶來了全新的視角。這一古老分子在現代生物醫學研究中煥發出全新活力,憑借其優勢成為下一代精準醫療的核心驅動力。
(Source: Cai Cao X, et al. 2024)
1、環狀DNA 適配體篩選:環狀 DNA 適配體具有較強的核酸酶抗性、熱穩定性和結合親和力,最新研究實現了從環狀 DNA 文庫中篩選適配體,并開發了用于靶向遞送的雙特異性環狀適配體。
2、基于CssDNA 的滾環擴增(RCA)生成DNAzyme:RCA 利用環狀 DNA 模板生成長單鏈產物進行信號放大,并可結合適配體和 DNAzyme 構建復雜納米結構,廣泛應用于基因治療。
3、miRNA海綿(miRNA Sponge):基于 CssDNA 的 DNA 海綿相比 RNA 海綿更穩定、更高效,能夠有效抑制致癌 miRNA,促進腫瘤抑制基因的表達以實現抗腫瘤作用。
環狀單鏈 DNA(CssDNA)因其穩定性高、可擴增性強,成為基因調控、核酸酶合成和適配體篩選等領域的重要工具。
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案例分析:成功合成 80nt 環狀 DNA(CssDNA)
圖1. 經質譜檢測,成環前后目的分子量相差約為 37,符合實驗設計預期的線性化 DNA 成環的特征。該項目線性化 DNA 環化過程中脫去 2 個水分子,預計成環后分子量減少~36。
圖2. 利用線性 DNA 消化酶驗證 DNA 成環效果。同等實驗條件下,經線性消化酶處理后,線性 DNA 片段被消化,而環狀 DNA 無顯著變化。
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