我們曾經梳理了生信課題選題的口訣：選表型，定基因；（在疾病確定的情況下，如何選基因呢？）表達有差異，差異影響表型（的基因）！科研進入到單細胞多組學時代，不管是腫瘤還是非腫瘤疾病，研究維度就不能再局限于疾病組與對照組的整體分析了，而應該擴展到特定的細胞類群之間，即選表型，定基因，表型選在細胞上，基因定在高表達的差異基因上。

有了這樣的邏輯前提，那些在芯片數據或二代測序數據中已經被研究過的基因，還可以拿過來進行二次研究。為什么？因為既往分析往往只能確定疾病組與對照組有差異的基因，但是很多時候并不能明確基因的來源，這是二代測序本身的漏洞，除非所檢測的細胞樣本是用流式等方法經過特定Marker分選了，亦或者是細胞系樣本。

對于單細胞數據，無論是在線工具網站，還是 R 腳本，我們苦苦找尋的不就是那些在特定細胞類型上高表達，而其高表達又影響某個表型的基因嗎？找到之后，我們如果能夠實驗驗證，做到干濕結合，這不就是一篇很好的文章嗎？

上述介紹是一種科研方法論，來源于科研實踐，是一種比較粗糙的生信篩選基因的方法。大家都可以去驗證其可靠性！

TISCH (Tumor Immune Single-cell Hub) 是專注于腫瘤scRNA-seq數據的在線平臺，提供詳細的細胞類型注釋，用于探究不同腫瘤類型的腫瘤微環境，界面友好，操作簡單。既可以探索基因在腫瘤微環境各種細胞（如腫瘤細胞、免疫細胞，成纖維細胞和內皮細胞等）的表達和分布情況，還可以分析腫瘤和微環境中其它細胞間的細胞通訊情況。

2023年8月，Frontiers in immunology發表了題為ANGPTL2+cancer-associated fibroblasts and SPP1+macrophages are metastasis accelerators of colorectal cancer的研究論文，其中使用了TISCH2數據庫。降維圖、表達散點圖和細胞通訊的結果均來自在線操作。

最重要的是，作者通過免疫熒光進行了驗證，干濕結合！

我們在分享第一篇經典文獻的時候，說到過CCL5。這篇文獻的主要結論是① 卵巢癌細胞可分泌CCL5；② CCL5與CD8+ T 細胞浸潤正相關；③ 卵巢癌細胞可通過表觀調控下調CCL5的表達，從而導致腫瘤的免疫逃逸（晚期）。當時，這項研究是基于二代測序數據的分析完成的。

2022年10月，Cancer Letter雜志發表題為的研究論文，這篇文章通過單細胞數據挖掘，首次揭示腫瘤浸潤 T 細胞產生的CCL5，作用于腫瘤細胞表達的SDC1受體，從而促進腫瘤的轉移。

單細胞數據分析CCL5和SDC1的表達分布。

干濕結合驗證 T 細胞表達CCL5。

體外實驗驗證CCL5通過SDC1促進腫瘤轉移（雖然粗糙了點）。

生信三步走：在線網站→R 語言→單細胞、多組學

因此，單細胞數據分析，既是方法，也是思路！無論是研究生，還是博士后，甚至在讀的本科生，一定要學！早學會，早受益！從純生信，到 R 語言，再到單細胞，我們提出生信三步走，如果你感興趣，歡迎來學習我們的教程！

如有問題，歡迎添加芒果師兄微信Mango1235詳聊~~