上海
轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)如同"雞毛"般能指示風(fēng)向，但真正要發(fā)"令箭"指導(dǎo)臨床決策時，必須通過蛋白水平的驗證。好的研究設(shè)計應(yīng)該像拼圖一樣，讓不同技術(shù)各司其職又相互印證。建議實(shí)驗設(shè)計時：①先用單細(xì)胞/空間轉(zhuǎn)錄組發(fā)現(xiàn)候選靶點(diǎn)；②用mIHC在獨(dú)立隊列驗證關(guān)鍵蛋白標(biāo)志物；③對關(guān)鍵通路可結(jié)合Western blot或質(zhì)譜進(jìn)一步確認(rèn)。
1.轉(zhuǎn)錄組與蛋白表達(dá)的差異。mRNA水平僅能反映基因表達(dá)的部分信息，由于存在轉(zhuǎn)錄后調(diào)控、翻譯效率差異和蛋白降解等因素，mRNA與蛋白水平的相關(guān)系數(shù)通常僅在0.4-0.7之間。重要翻譯后修飾（如磷酸化、糖基化）完全無法通過轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)體現(xiàn)。
2.空間轉(zhuǎn)錄組的技術(shù)限制。當(dāng)前主流空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)（如10x Visium）分辨率在55μm，單個spot仍包含多個細(xì)胞。新興的亞細(xì)胞級技術(shù)（如MERFISH）雖能檢測單細(xì)胞RNA，但僅限預(yù)設(shè)的數(shù)百種基因。
3.免疫組化的不可替代性。多重免疫組化（mIHC）可同時檢測4-8種蛋白標(biāo)記，實(shí)現(xiàn)細(xì)胞表型精確定位。數(shù)字病理分析（如HALO, QuPath）能定量蛋白表達(dá)的空間分布特征。重要臨床標(biāo)志物（如PD-L1、HER2）必須通過蛋白水平驗證。
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