保證期間與保證合同訴訟時效雖然都是權利行使的期限，但二者存在如下區別：

第一，是否可以由當事人自由約定不同。

保證期間既可以是約定的，也可以是法定的，如果當事人約定了保證期間，則保證期間為該約定期間，將優先于法定期間而適用。而訴訟時效期間是法定的，在規范性質上屬于強制性規范，不允許當事人自由約定。當事人另行作出約定的，無效。

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第二，法定期間長短不同。

訴訟時效期間一般是3年，而法定保證期間是6個月，當然當事人也可以自由約定保證期間。但保證期間約定過長，對保證人不利。法定保證期間短于訴訟時效期間，主要理由是保證合同具有無償性、單務性，保證人的保證責任較重，將法定的保證期間規定得短一點，有利于傾斜保護保證人的權利。因為一旦債權人怠于行使權利，則保證人將不再承擔保證責任。

第三，法定期限是否可以變更不同。

訴訟時效可能出現中止、中斷和延長的情形。而保證期間則是不變期間，不發生中止、中斷和延長。

第四，起算點不同。

依據《民法典》第692條第2款的規定，無論是一般保證，還是連帶責任保證，法定保證期間都是自主債務履行期限屆滿之日起開始計算。但保證債務的訴訟時效期間起算點則與此不同。一般保證之債要求債權人在保證期間屆滿前對債務人提起訴訟或者申請仲裁，保證之債的訴訟時效從保證人拒絕承擔保證責任的權利消滅之日起算。連帶責任保證要求債權人在保證期間屆滿前請求保證人承擔保證責任，保證之債的訴訟時效從債權人請求保證人承擔保證責任之日起算。

第五，期間屆滿的后果不同。

保證期間屬滿，債權人未在該期間內依法主張權利，保證責任本身消滅。而訴訟時效期間屆滿，如果債權人向保證人提出承擔保證責任的請求，保證人有權提出時效抗辯，但保證責任本身并不消滅。

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