實踐中如果犯罪嫌疑人、被告人及其辯護人提出了存在非法取證的相關線索或者材料，完成了初步的舉證責任，使法官心理產生了“合理懷疑”，而公訴機關無法進行合理解釋或無法提供同步錄音錄像等證據予以證明的，一般法官會認定存在非法取證的“合理懷疑”，并對相應證據予以排除。“排除合理懷疑”原是英美法系刑事訴訟中證明被告人有罪的標準，我國《刑事訴訟法》將“排除合理懷疑”作為“事實清楚，證據確實、充分”的判斷依據，有利于減少片面追求證據完備的“法定證據主義”傳統，實現司法公正。

“合理懷疑”同樣也是我國刑事訴訟過程中排除非法證據的重要判斷標準。這種“合理懷疑”，是指通過排除非法證據程序，使法官憑借專業知識、日常生活經驗、案件其他證據等，內心合乎邏輯地懷疑該證據可能是通過非法手段獲取的。一般達到“合理懷疑”的程度，法官就可認定該證據屬于非法證據并予以排除。

對證據是否非法的“合理懷疑”，也牽涉到證明責任的承擔問題。一般而言，在刑事訴訟中，證明犯罪嫌疑人、被告人有罪的證據，均由偵查機關和公訴機關提供，也就是說，犯罪嫌疑人、被告人有罪的舉證責任由偵查機關和公訴機關承擔。但在特殊情況下，犯罪嫌疑人、被告人也承擔著證明自己無罪的舉證責任，特別是在主張某些積極抗辯事由以證明自己無罪的情形下，例如，不在犯罪現場、被害人同意、有利于被告人的量刑情節等，其中也包括在非法證據排除程序中提供基本線索或材料。當犯罪嫌疑人、被告人及其辯護人提供了可能存在非法證據排除的基本線索或材料后，就可能使法官產生一定的懷疑，這時舉證責任再次轉移至公訴機關。如果公訴機關無法進一步舉證證明這種懷疑是“不合理”的，則法官可能對該證據進行“合理懷疑”，從而否定該證據的合法性。

1、檢察機關未提供同步錄音錄像證明取證合法的，應認定存在“合理懷疑”

行為人提出非法取證線索，檢察機關未能提供偵查人員在檢察機關辦案點對行為人進行訊問的同步錄音錄像，而目前所提供的行為人入所健康檢查表、辦案機關情況說明及其在看守所的訊問同步錄音錄像，不足以證明偵查人員在檢察院辦案點對其供述的取證行為具有合法性，故對該部分供述予以排除，見【（2017）桂01刑終333號】吳某和受賄案二審刑事判決書。

2、現有證據無法完全排除刑訊逼供可能的，應認定存在“合理懷疑”

行為人提出偵查機關非法剝奪其人身自由三天三夜，并進行威脅、誘供、逼供，程序違法，但沒有其他證據佐證，而現有證據也不能完全排除這種可能的，對其訊問筆錄應作為非法證據予以排除，見【（2015）白山刑二終字第91號】田某、楊某晨貪污、挪用公款案二審刑事裁定書。

3、被告人供述與同步錄音錄像不一致的，應認定為存在“合理懷疑”

上訴人原有供述與同步錄音錄像記載存在諸多不一致的內容，原有筆錄存在增添記錄內容、引供、誘供現象，甚至記錄與上訴人回答意思相悖的內容，故上訴人的原有供述內容記載不真實，存在引供、誘供現象，不能作為定案依據，應予排除，見【（2018）吉03刑終52號】姚某財、王某峰、隋某杰貪污案二審刑事裁定書。