對于建設工程結算條款約定“以政府審計為準該如何處理”這一問題，實際上應當拆分為兩個問題看待。首先是是否對此作出明確約定？其次是合同作此約定的，何種情形下，承包人可以突破該約定？

1、條款效力

《最高人民法院關于審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋（一）》第19條規定：“當事人對建設工程的計價標準或者計價方法有約定的，按照約定結算工程價款。”而審計是國家對建設單位的一種行政監督，不影響建設單位與承建單位的合同效力，因此，建設工程承包合同案件應以當事人的約定作為法院判決的依據。

只有在合同明確約定以審計結論作為結算依據或者合同約定不明確、合同約定無效的情況下，才能將審計結論作為判決的依據。也就是說，如果合同有“以政府審計為準”這樣的條款，是有效的。如果沒有這樣的條款，即使是政府工程，發包方也不能要求以審計未結算依據。

2、如何突破

那么，在有相關約定的情況下，乙方如何突破呢？

雙方結算協議優先于財政評審結論

《河北省高級人民法院關于印發<建設工程施工合同案件審理指南>的通知（2018年）》第22條規定：“在雙方當事人已經通過結算協議確認了工程結算價款并已基本履行完畢的情況下，國家審計機關作出的審計結論或財政評審意見，不影響雙方結算協議的效力。”

發包人怠于啟動審計程序

《四川省高級人民法院關于審理建設工程施工合同糾紛案件若干疑難問題的解答（2015年）》第17條規定：“政府投資的建設工程施工合同結算糾紛，發包人主張以政府審計部門審計結果作為工程造價結算依據的原則上不予支持，但當事人在合同中有明確約定的除外。”

“當事人在合同中明確約定工程價款以政府審計部門審計結果作為結算依據，并約定了審計時間，在合同約定的審計時間內非因承包人原因未作出審計結論，或雖未約定審計時間，經承包人催告，發包人未在合理期限內送交政府審計部門審計的，承包人主張按照雙方簽章確認的送審結算價結算工程價款的，可予支持。政府審計部門審計結論明確部分項目已經超出政府投資項目，但合同明確約定屬于施工內容的，承包人主張支付工程價款的，應予支持。”

相關部門長期未出具結果

《2015年全國民事審判工作會議紀要》第49條認為：“合同約定以審計機關出具的審計意見作為工程價款結算依據的，應當遵循當事人締約本意，將合同約定的工程價款結算依據確定為真實有效的審計結論。承包人提供證據證明審計機關的審計意見具有不真實、不客觀情形，人民法院可以準許當事人補充鑒定、重新質證或者補充質證等方法糾正審計意見存在的缺陷。上述方法不能解決的，應當準許當事人申請對工程造價進行鑒定。”

3、結語

總而言之，只要沒有以審計結論為結算依據的約定，乙方就可以通過鑒定的方式來解決工程款爭議，如果有類似約定，也可以視具體情況突破，推翻審計結論，不過，實踐中具體如何操作，需要根據具體的情況來制定方案。

因此，為了防患于未然，乙方最好是在簽合同時就做好相應的風險防范措施，當不得不通過法律手段來維護自己的權益、解決政府工程審計審減工程款難題時，也應當委托專業從事工程法務行業的資深律師來處理。